计算化学公社

标题: 关于小分子穿膜的模拟，有一些问题 [打印本页]

作者
Author: pxf 时间: 2024-7-6 23:04
标题: 关于小分子穿膜的模拟，有一些问题
本帖最后由 pxf 于 2024-7-6 23:04 编辑

各位老师好，我想要模拟小分子物质（如全氟辛酸）的穿膜过程，查看了相关的文献，但是文献中有很多地方不懂，就想问问如果要做这种模拟的话，有哪些流程（我不知道自己理解的步骤对不对）
我自己理解的步骤是：用charmmgui建了DPPC膜，然后在CHARMMGUI > Ligand Reader & Modeler 模块中生成全氟辛酸的结构和拓扑文件，再用gmx insert-molecules -f step5_input.gro -ci ligandrm.pdb -o plex1.gro -replace -nmol 1，选择TIP3（水分子替换）命令插入全氟辛酸，做能量最小化，NVT，NPT预平衡，最后进行平衡模拟，再是进行采样（不知道是否正确）
我看的文献如下：

我在想就是文献里面用charmmgui建的DPPC膜应该是用的charmm36力场为什么文献说的是用gromacs53a6力场优化初始结构，我有点不理解，自己属于是才开始学分子动力学，谢谢各位老师能解答一下。

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-7-6 23:16
没有提到用charmm36力场，用的就是GROMOS力场
而且也没有模拟中途换力场的理由

作者
Author: student0618 时间: 2024-7-6 23:25
本帖最后由 student0618 于 2024-7-6 23:47 编辑

That paper means they built the lipid layer in CHARMM-GUI which is a tool for input preparation. Just take the coordinates, like how we get protein structure from PDB.

Then they do MD with GROMOS forcefield. Although they're spelling it wrong.
From the 3rd paragraph seems to be Berger lipid which is compatible with GROMOS. Berger lipid parameters is no longer available though, due to a problem in the forcefield. Just based on your figure, I didn't read the original paper.

BTW they have quite a number of typos and weird protocol in that paper...

作者
Author: pxf 时间: 2024-7-7 00:07

Seyilaxa 发表于 2024-7-6 23:16
没有提到用charmm36力场，用的就是GROMOS力场
而且也没有模拟中途换力场的理由

对，文献里面是没有提到charmm力场但是自己用charmmgui建细胞膜的时候下载的压缩包里面好像是用的charmm力场（拓扑文件里面），所以有点困惑

作者
Author: pxf 时间: 2024-7-7 00:12

student0618 发表于 2024-7-6 23:25
That paper means they built the lipid layer in CHARMM-GUI which is a tool for input preparation. Jus ...

好的，谢谢

作者
Author: dayu8278 时间: 2024-7-7 11:28
你用卢老师的genmem程序建立一个DPPC的膜，这样膜的尺寸都可以自己定制，然后跑一个平衡的膜，然后再添加小分子

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-7 16:48
推荐用genmixmem构建结构，拓扑文件和力场问题下文里也写了
生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genmixmem
http://sobereva.com/245

作者
Author: pxf 时间: 2024-7-9 11:01

sobereva 发表于 2024-7-7 16:48
推荐用genmixmem构建结构，拓扑文件和力场问题下文里也写了
生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genmi ...

好的，谢谢老师

作者
Author: pxf 时间: 2024-7-9 14:18

dayu8278 发表于 2024-7-7 11:28
你用卢老师的genmem程序建立一个DPPC的膜，这样膜的尺寸都可以自己定制，然后跑一个平衡的膜，然后再添加小 ...

好的谢谢

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