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标题: 常温下PMF图中主客体结合过程中能垒是否可以越过 [打印本页]

作者
Author: JCenter 时间: 2024-7-6 23:12
标题: 常温下PMF图中主客体结合过程中能垒是否可以越过
本帖最后由 JCenter 于 2024-7-6 23:13 编辑

请教下大家，我基于gmx程序，通过伞状采样（NPT,298K，1bar，GAFF力场，RESP2(0.5)电荷，SPC/E三点水）计算了有机客体从主体环中拉出的PMF，如图所示。通过PMF,我发现从端口结合处进入空腔，需要越过一个约35KJ/mol的能垒，(这个能垒通过看看轨迹，发现是客体在端口处进行翻转，从而中性部分进入空腔），然后进入空腔后的自由能与端口处相比更低，不知道这个35KJ/mol能垒在常温下能跃过吗，还是说无法越过，使得构型维持端口处呢

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-7 16:27
能。但前提是客体本身容易稳定结合在端口，从而能够有频繁的碰撞

作者
Author: JCenter 时间: 2024-7-8 09:02

sobereva 发表于 2024-7-7 16:27
能。但前提是客体本身容易稳定结合在端口，从而能够有频繁的碰撞

好嘞，谢谢老师

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