计算化学公社

标题: 高斯报错求助。跑了十个小时终止了。恳请提供一些解决方法。谢谢。 [打印本页]
作者
Author: 〇66    时间: 2024-7-7 09:38
标题: 高斯报错求助。跑了十个小时终止了。恳请提供一些解决方法。谢谢。
跑了十个小时终止了，结构如图。可以麻烦大佬们帮忙看看原因吗，恳请提供一些解决的方法，非常感谢。

结构：
(, 下载次数 Times of downloads: 30)

优化过程：
(, 下载次数 Times of downloads: 29)

输入文件关键词：

%nprocshared=32
%mem=96GB
%chk=AFCM.chk
# opt freq scrf=(smd,solvent=water) M062X def2svp


输出文件最后几行：

Atomic radii for non-electrostatic terms: SMD-CDS.
------------------------------------------------------------------------------
Nuclear repulsion after PCM non-electrostatic terms =     5987.2804798098 Hartrees.
One-electron integrals computed using PRISM.
   1 Symmetry operations used in ECPInt.
ECPInt:  NShTT=   63903 NPrTT=  231511 LenC2=   51835 LenP2D=  120709.
LDataN:  DoStor=T MaxTD1= 4 Len=   56
NBasis=   763 RedAO= T EigKep=  6.57D-04  NBF=   763
NBsUse=   763 1.00D-06 EigRej= -1.00D+00 NBFU=   763
Initial guess from the checkpoint file:  "AFCM.chk"
B after Tr=     0.000000    0.000000    0.000000
         Rot=    0.998407   -0.054045   -0.005679    0.015180 Ang=  -6.47 deg.
ExpMin= 1.22D-01 ExpMax= 2.27D+03 ExpMxC= 3.41D+02 IAcc=2 IRadAn=         4 AccDes= 0.00D+00
Harris functional with IExCor= 1009 and IRadAn=       4 diagonalized for initial guess.
HarFok:  IExCor= 1009 AccDes= 0.00D+00 IRadAn=         4 IDoV= 1 UseB2=F ITyADJ=14
ICtDFT=  3500011 ScaDFX=  1.000000  1.000000  1.000000  1.000000
FoFCou: FMM=F IPFlag=           0 FMFlag=      100000 FMFlg1=        2001
         NFxFlg=           0 DoJE=T BraDBF=F KetDBF=T FulRan=T
         wScrn=  0.000000 ICntrl=       500 IOpCl=  0 I1Cent=   200000004 NGrid=           0
         NMat0=    1 NMatS0=      1 NMatT0=    0 NMatD0=    1 NMtDS0=    0 NMtDT0=    0
Petite list used in FoFCou.
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on             energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
Inv3:  Mode=1 IEnd=    72206508.
Iteration    1 A*A^-1 deviation from unit magnitude is 6.44D-15 for   4905.
Iteration    1 A*A^-1 deviation from orthogonality  is 5.25D-15 for   1935   1881.
Iteration    1 A^-1*A deviation from unit magnitude is 6.44D-15 for   4905.
Iteration    1 A^-1*A deviation from orthogonality  is 7.65D-13 for   2363   2360.
Error on total polarization charges =  0.05174
SCF Done:  E(RM062X) =  -2214.53023509     A.U. after   14 cycles
            NFock= 14  Conv=0.33D-08     -V/T= 2.0094
SMD-CDS (non-electrostatic) energy       (kcal/mol) =       9.01
(included in total energy above)
galloc:  could not allocate memory.


作者
Author: niobium    时间: 2024-7-7 10:29
本帖最后由 niobium 于 2024-7-7 10:30 编辑

最后一行写得很清楚：机器内存不够，可用内存没有你想要的96G。一开始能正常跑，说明应该是后来有人跟你挤机器了。
作者
Author: sai77    时间: 2024-7-7 10:36
除了内存问题，建议看看社长这个贴子
《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》
http://sobereva.com/327
1.4部分

M062X本身收敛就比较困难，再用SMD溶剂模型，那更是难上加难
作者
Author: kimariyb    时间: 2024-7-7 10:51
感觉你弱相互作用这么明显的体系，就算用了 M06-2x 也可以加 em=gd3，最重要的是内存被抢了才这么慢，不然就算 nproc=32 mem=64 GB 在相同级别下算 100 个原子左右的体系，2个小时我也能算出来。
作者
Author: 〇66    时间: 2024-7-7 15:03
kimariyb 发表于 2024-7-7 10:51
感觉你弱相互作用这么明显的体系，就算用了 M06-2x 也可以加 em=gd3，最重要的是内存被抢了才这么慢，不然 ...

谢谢帮助，根据各位老师的指点。我重新尝试，更改了输入文件的关键词，但是最后输出结果还是有问题。

更改后输入文件关键词：
%nprocshared=32
%mem=32GB
%chk=AFCM-1.chk
# opt freq def2svp b3lyp em=gd3

输出文件的最后几行如下:
Rotational constants (GHZ):           0.1379838           0.0563560           0.0513029
Standard basis: def2SVP (5D, 7F)
There are   805 symmetry adapted cartesian basis functions of A   symmetry.
There are   763 symmetry adapted basis functions of A   symmetry.
   763 basis functions,  1295 primitive gaussians,   805 cartesian basis functions
   160 alpha electrons      160 beta electrons
       nuclear repulsion energy      5985.2950556490 Hartrees.
NAtoms=   77 NActive=   77 NUniq=   77 SFac= 1.00D+00 NAtFMM=   60 NAOKFM=T Big=T
Integral buffers will be    131072 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
Nuclear repulsion after empirical dispersion term =     5985.1669249777 Hartrees.
One-electron integrals computed using PRISM.
   1 Symmetry operations used in ECPInt.
ECPInt:  NShTT=   63903 NPrTT=  231511 LenC2=   51822 LenP2D=  120592.
LDataN:  DoStor=T MaxTD1= 4 Len=   56
NBasis=   763 RedAO= T EigKep=  7.08D-04  NBF=   763
NBsUse=   763 1.00D-06 EigRej= -1.00D+00 NBFU=   763
Initial guess from the checkpoint file:  "AFCM-1.chk"
B after Tr=    -0.000000   -0.000000    0.000000
         Rot=    1.000000   -0.000000   -0.000000   -0.000000 Ang=   0.00 deg.
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on             energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
SCF Done:  E(RB3LYP) =  -2215.44125111     A.U. after    1 cycles
            NFock=  1  Conv=0.19D-08     -V/T= 2.0092
DoSCS=F DFT=T ScalE2(SS,OS)=  1.000000  1.000000
Range of M.O.s used for correlation:     1   763
NBasis=   763 NAE=   160 NBE=   160 NFC=     0 NFV=     0
NROrb=    763 NOA=   160 NOB=   160 NVA=   603 NVB=   603
   1 Symmetry operations used in ECPInt.
ECPInt:  NShTT=   63903 NPrTT=  231511 LenC2=   51822 LenP2D=  120592.
LDataN:  DoStor=T MaxTD1= 5 Len=  102
Number of processors reduced to   7 by ecpmxn.
Symmetrizing basis deriv contribution to polar:
IMax=3 JMax=2 DiffMx= 0.00D+00
G2DrvN: will do    78 centers at a time, making    1 passes.
Calling FoFCou, ICntrl=  3107 FMM=T I1Cent=   0 AccDes= 0.00D+00.
End of G2Drv F.D. properties file   721 does not exist.
End of G2Drv F.D. properties file   722 does not exist.
End of G2Drv F.D. properties file   788 does not exist.
          IDoAtm=11111111111111111111111111111111111111111111111111
          IDoAtm=111111111111111111111111111
          Differentiating once with respect to electric field.
                with respect to dipole field.
          Differentiating once with respect to nuclear coordinates.
CalDSu exits because no D1Ps are significant.
          There are   234 degrees of freedom in the 1st order CPHF.  IDoFFX=6 NUNeed=     3.
    231 vectors produced by pass  0 Test12= 9.65D-14 1.00D-09 XBig12= 2.81D+02 4.30D+00.
AX will form    96 AO Fock derivatives at one time.
    231 vectors produced by pass  1 Test12= 9.65D-14 1.00D-09 XBig12= 6.34D+01 1.27D+00.
    231 vectors produced by pass  2 Test12= 9.65D-14 1.00D-09 XBig12= 5.38D-01 5.64D-02.
    231 vectors produced by pass  3 Test12= 9.65D-14 1.00D-09 XBig12= 2.35D-03 4.58D-03.
    231 vectors produced by pass  4 Test12= 9.65D-14 1.00D-09 XBig12= 4.66D-06 2.03D-04.
    188 vectors produced by pass  5 Test12= 9.65D-14 1.00D-09 XBig12= 4.57D-09 4.90D-06.


作者
Author: xsc6    时间: 2024-7-7 19:05
〇66 发表于 2024-7-7 15:03
谢谢帮助，根据各位老师的指点。我重新尝试，更改了输入文件的关键词，但是最后输出结果还是有问题。

...

任务没结束吧，在做freq呢 是自己停了吗 或者不小心被别人杀了？ 你一个核1个G内存有点少
作者
Author: 〇66    时间: 2024-7-7 19:48
xsc6 发表于 2024-7-7 19:05
任务没结束吧，在做freq呢 是自己停了吗 或者不小心被别人杀了？ 你一个核1个G内存有点少

好的 谢谢 我加大内存到64看看 （你的签名很有趣）
作者
Author: xsc6    时间: 2024-7-7 21:09
〇66 发表于 2024-7-7 19:48
好的 谢谢 我加大内存到64看看 （你的签名很有趣）

你自己的服务器什么情况只有你自己清楚 如果经常被别人抢内存 可以试试独占节点
作者
Author: 〇66    时间: 2024-7-8 08:43
xsc6 发表于 2024-7-7 21:09
你自己的服务器什么情况只有你自己清楚 如果经常被别人抢内存 可以试试独占节点

独占节点感觉会贵很多 我跑的量比较大
作者
Author: wxyhgk    时间: 2024-7-12 08:05
本帖最后由 wxyhgk 于 2024-7-12 08:39 编辑

已近算完了，你这种最好加入色散作用

(, 下载次数 Times of downloads: 28)


==== 计算细节 ====
Gaussian版本： C.01
耗时：7h8m16s
==============

输入文件：

  1. %cpu=0-63
  2. %mem=96GB
  3. %chk=AFCM.chk
  4. # opt freq scrf=(smd,solvent=water) M062X def2svp em=gd3

  6. AFCM

  8. 0 1
  9. C                 -4.33710000    0.99520000   -0.70910000
  10. C                 -3.10500000    0.29380000   -0.11110000
  11. O                 -1.85710000    1.07790000   -0.44520000
  12. C                 -1.96260000    2.45190000    0.17170000
  13. C                 -3.16970000    3.19660000   -0.42630000
  14. C                 -4.44870000    2.40460000   -0.10390000
  15. O                 -0.71890000    3.27060000   -0.07960000
  16. C                  0.50060000    2.60810000    0.51490000
  17. C                  0.96400000    1.42950000   -0.36120000
  18. C                  2.22390000    0.79410000    0.25420000
  19. C                  3.34290000    1.84810000    0.33350000
  20. C                  2.88080000    3.02470000    1.21170000
  21. C                  1.62470000    3.65610000    0.58570000
  22. C                 -3.01300000   -1.12960000   -0.68970000
  23. O                 -3.59250000   -2.29150000    0.08010000
  24. O                 -4.58200000    2.28140000    1.39440000
  25. O                 -3.26190000    4.57170000    0.19040000
  26. O                 -2.21290000   -1.38240000   -1.94480000
  27. O                  1.30570000    1.95180000   -1.73550000
  28. O                  2.69380000   -0.35080000   -0.61080000
  29. C                  1.14260000    4.83220000    1.45490000
  30. O                  2.22730000    5.87800000    1.54360000
  31. C                 -5.59810000    0.18370000   -0.36010000
  32. C                  4.60000000    1.20190000    0.94370000
  33. H                 -4.22540000    1.07000000   -1.84100000
  34. H                 -3.22220000    0.23280000    1.02130000
  35. H                 -2.11380000    2.34460000    1.29660000
  36. H                 -3.04250000    3.28900000   -1.55510000
  37. H                 -5.35960000    2.94020000   -0.53220000
  38. H                  0.26240000    2.24600000    1.56910000
  39. H                  0.13820000    0.64730000   -0.43330000
  40. H                  1.98500000    0.41090000    1.30080000
  41. H                  3.57950000    2.22870000   -0.71470000
  42. H                  3.70780000    3.80730000    1.26870000
  43. H                  2.63810000    2.64790000    2.25980000
  44. H                  1.86840000    4.02880000   -0.46400000
  45. H                 -3.64840000   -2.02780000    1.15670000
  46. H                 -3.68790000    1.75610000    1.79140000
  47. H                 -4.13230000    5.11280000   -0.23580000
  48. H                  2.11230000    2.71000000   -1.64980000
  49. H                  3.61240000   -0.79150000   -0.17020000
  50. H                  0.89100000    4.45340000    2.50020000
  51. H                  0.21130000    5.28960000    0.98210000
  52. H                  1.87470000    6.72920000    2.16260000
  53. H                 -5.50480000   -0.86580000   -0.79530000
  54. H                 -6.51860000    0.69700000   -0.79440000
  55. H                 -5.69960000    0.11660000    0.77340000
  56. H                  4.93040000    0.32830000    0.28970000
  57. H                  4.35880000    0.82190000    1.99100000
  58. H                  5.43730000    1.97330000    1.00190000
  59. C                  8.25770000    7.28800000    1.86050000
  60. N                  6.87570000    6.82970000    1.46140000
  61. C                  5.76280000    7.83750000    1.30300000
  62. N                  6.03070000    9.30360000    1.54560000
  63. C                  7.41310000    9.76220000    1.94390000
  64. N                  8.52670000    8.75410000    2.10150000
  65. N                  7.68270000   11.22840000    2.18440000
  66. N                  4.38250000    7.37960000    0.89810000
  67. N                  9.37070000    6.28000000    2.01820000
  68. H                  6.86440000   11.96940000    2.06860000
  69. H                  8.69900000   11.56510000    2.47650000
  70. H                  4.18570000    6.30190000    0.71810000
  71. H                  3.56380000    8.11990000    0.78260000
  72. H                  9.17220000    5.20220000    1.84130000
  73. H                 10.38730000    6.61630000    2.31130000
  74. C                 -2.20570000    8.44610000    0.03070000
  75. N                 -2.74360000    9.85350000    0.13170000
  76. C                 -1.81670000   10.99280000    0.48250000
  77. N                 -0.35170000   10.72460000    0.73190000
  78. C                  0.18580000    9.31690000    0.63220000
  79. N                 -0.74120000    8.17740000    0.28270000
  80. O                  1.65020000    9.04790000    0.88340000
  81. O                 -2.35430000   12.40000000    0.58560000
  82. O                 -3.13300000    7.30860000   -0.32420000
  83. H                 -3.81980000   10.05080000   -0.05460000
  84. H                  0.32980000   11.56190000    0.99050000
  85. H                 -0.34610000    7.14210000    0.21220000

复制代码


输出坐标

  1. C                  0.28215300    3.86363800   -0.56106500
  2. C                  1.69356000    3.26296000   -0.43799600
  3. O                  1.62195300    1.91583200   -0.03301500
  4. C                  0.97693200    1.07478600   -0.97162400
  5. C                 -0.45062900    1.54800900   -1.21711200
  6. C                 -0.50583000    3.03604900   -1.58323600
  7. O                  0.94375200   -0.20482300   -0.45335800
  8. C                  1.99438100   -1.09158500   -0.83469900
  9. C                  3.18662800   -0.99394500    0.11748600
  10. C                  4.29057700   -1.92734200   -0.37169800
  11. C                  3.80102400   -3.37879000   -0.38884300
  12. C                  2.55694700   -3.48273000   -1.27240600
  13. C                  1.43668600   -2.50802500   -0.90200000
  14. C                  2.48064800    4.00735800    0.62578400
  15. O                  3.20533900    5.04225500    0.21654200
  16. O                 -0.10416300    3.27604300   -2.91583600
  17. O                 -0.98405100    0.74180900   -2.24444700
  18. O                  2.43038100    3.72859500    1.79839200
  19. O                  2.87309800   -1.35050500    1.44545700
  20. O                  5.40200200   -1.74227300    0.48456500
  21. C                  0.28898000   -2.59177500   -1.90378100
  22. O                 -0.38634300   -3.83138800   -1.84797800
  23. C                  0.28426400    5.34383100   -0.91581800
  24. C                  4.89219500   -4.33233800   -0.86108500
  25. H                 -0.19495400    3.71113500    0.42074600
  26. H                  2.22862400    3.34601200   -1.40314200
  27. H                  1.54335700    1.09173900   -1.92473600
  28. H                 -1.00673500    1.41538500   -0.27107100
  29. H                 -1.56119100    3.34874400   -1.53898300
  30. H                  2.34822300   -0.80257200   -1.84072900
  31. H                  3.56787300    0.04352100    0.08633500
  32. H                  4.55096500   -1.63296800   -1.40700800
  33. H                  3.52530900   -3.62957800    0.64812600
  34. H                  2.16386500   -4.50992900   -1.24947300
  35. H                  2.85394600   -3.28118600   -2.31845500
  36. H                  1.03122000   -2.76084700    0.09414600
  37. H                  3.19596300    5.13760200   -0.75069100
  38. H                  0.79597800    2.95311500   -3.06066900
  39. H                 -1.85854400    1.10728000   -2.46632700
  40. H                  1.91971500   -1.22599200    1.66073700
  41. H                  6.13550100   -2.26914900    0.14195800
  42. H                  0.69581400   -2.46693800   -2.92221000
  43. H                 -0.41027800   -1.76061200   -1.73234500
  44. H                 -1.11647100   -3.71262000   -1.22113000
  45. H                  0.70622800    5.95531500   -0.10633100
  46. H                 -0.74523700    5.68509600   -1.09365300
  47. H                  0.86533400    5.52742600   -1.83153600
  48. H                  5.76838400   -4.31066700   -0.19632000
  49. H                  5.22415000   -4.06967000   -1.87850300
  50. H                  4.52205000   -5.36767500   -0.88305500
  51. C                  0.38840700    0.48326500    2.58667200
  52. N                  0.39394800   -0.85921400    2.53966300
  53. C                 -0.77241800   -1.42984900    2.20852000
  54. N                 -1.90766700   -0.76181900    1.97401100
  55. C                 -1.79819500    0.57111800    2.04962000
  56. N                 -0.68612900    1.24793500    2.36428400
  57. N                 -2.90086400    1.29467800    1.76169900
  58. N                 -0.80717000   -2.77527600    2.14301700
  59. N                  1.54800100    1.08634600    2.91507400
  60. H                 -3.79346900    0.81630000    1.73921900
  61. H                 -2.88989700    2.28874800    1.95650500
  62. H                  0.08022200   -3.26549100    2.15765300
  63. H                 -1.57957000   -3.19564200    1.63615800
  64. H                  2.37673500    0.50251400    2.84679600
  65. H                  1.66124400    2.05442600    2.61865000
  66. C                 -3.94570400    0.27735200   -1.05993200
  67. N                 -5.17057700    0.06954900   -0.47023500
  68. C                 -5.55035300   -1.06631500    0.21797500
  69. N                 -4.58253100   -2.04807200    0.25268300
  70. C                 -3.33100600   -1.96517600   -0.30941600
  71. N                 -3.07817800   -0.78512700   -0.96335800
  72. O                 -2.53454400   -2.88054200   -0.25831200
  73. O                 -6.63439900   -1.18964700    0.73509900
  74. O                 -3.66540900    1.30819300   -1.63815900
  75. H                 -5.84946700    0.82863000   -0.52600900
  76. H                 -4.81460600   -2.91003900    0.74545200
  77. H                 -2.13853400   -0.63576100   -1.35164200
复制代码



作者
Author: 〇66    时间: 2024-7-12 11:02
wxyhgk 发表于 2024-7-12 08:05
已近算完了，你这种最好加入色散作用

一次小小的提问意识到了自己之前的很多错误，也感受到了网友大佬的热情，居然还麻烦您帮我跑了一遍，真是好心人，太感谢您了！



欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3