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标题: VMD选择一定区域内逐帧原子个数脚本输出总为整个体系总原子数，如何解决。 [打印本页]

作者
Author: cgy 时间: 2024-7-7 11:45
标题: VMD选择一定区域内逐帧原子个数脚本输出总为整个体系总原子数，如何解决。
本帖最后由 cgy 于 2024-7-7 11:48 编辑

各位老师好，本人新手，在使用VMD进行可视化分析时，想要求x>0 and x<50 and y>0 and y<50 and z>130 and z<150区域的逐帧原子数，学习一段时间VMD脚本语言后，自行编写了一段脚本，尝试进行输出我所需要的区域的原子数，结果最后输出为全部总数原子，请问各位老师我写的脚本存在什么问题，谢谢老师。在无选定的区域上的原子数是由0逐渐到四千多个分子，而不是体系总分子数10290。
mol new {md.trr} type {trr} waitfor all
for {set i 0} {$i <= 201} {incr i} {
set sel [atomselect top "x > 0 and x < 50 and y > 0 and y < 50 and z > 130 and z < 150"]
animate goto $i
set num_atoms [molinfo top get numatoms]
puts "Frame $i: $num_atoms atoms"
}

md.gro和md.trr文件压缩后还32MB上传不了，就附上VMD输入脚本后的计数错误的截图。是在VMD打开md.trr文件后输入的脚本。谢谢各位老师了。

作者
Author: 丁越 时间: 2024-7-8 09:26
animate goto $i
改为：
$sel frame $i
$sel update
把set sel [atomselect top "x > 0 and x < 50 and y > 0 and y < 50 and z > 130 and z < 150"]挪到for循环外面去

作者
Author: cgy 时间: 2024-7-8 10:18

丁越发表于 2024-7-8 09:26
animate goto $i
改为：
$sel frame $i

set sel [atomselect top "water and x > 0 and x < 50 and y > 0 and y < 50 and z > 130 and z < 150"]
for {set i 0} {$i <= 201} {incr i} {
$sel frame $i
$sel update
puts "Frame $i: [expr [$sel num]]"
}
您好，经过您的指导，和http://bbs.keinsci.com/forum.php ... A%D0%C4%BE%E0%C0%EB这一篇的输出结果的语句参考，已经解决问题，最终输出了该区域的逐帧分子数，再次感谢您！

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