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标题: 关于dalton双光子吸收截面与双光子吸收波长的关系图要如何绘制 [打印本页]

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Author: zhouyulin 时间: 2024-7-8 15:09
标题: 关于dalton双光子吸收截面与双光子吸收波长的关系图要如何绘制
各位老师好，我在使用dalton的时候，已经可以成功计算出分子结构的双光子最大吸收截面以及对应的吸收波长，但是我想请教一下各位老师要如何绘制像文献一样的双光子吸收截面与吸收波长之间的关系，即双光子吸收光谱图。我这边查阅官方的dalton手册里的双光子部分，也没有提到过双光子吸收光谱这一点，gaussian和multiwfn也不支持读取dalton的结果文件，同时双光子吸收光谱是双光子吸收截面与吸收波长之间的联系，与单光子吸收光谱不一样，而且从dalton最后的输入文件来看，它的Two-photon absorption summary 的第一列对应的就是最大双光子吸收截面以及它对应的吸收波长，再往后的话就是其他单重态的双光子吸收截面和吸收波长的相关信息，那这样的话dalton的双光子光谱要怎么绘制出来，从dalton输出文件的哪里获取光谱信息呢？

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Author: sobereva 时间: 2024-7-8 23:10
试图自行整理成Multiwfn绘制光谱通用的文本格式作为输入文件，在Multiwfn手册这一节说了
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Author: zhouyulin 时间: 2024-7-8 23:58
本帖最后由 zhouyulin 于 2024-7-9 00:00 编辑

sobereva 发表于 2024-7-8 23:10
试图自行整理成Multiwfn绘制光谱通用的文本格式作为输入文件，在Multiwfn手册这一节说了

但是老师我想几个问题问一下
（1）绘制光谱的输入文件对应的横纵坐标的怎么办，我这边的纵坐标和横坐标分别是双光子吸收截面和吸收波长，正常的话吸收光谱对应的那部分是振子强度和吸收波长，这个是自己设置的吗，在哪里设置
（2）因为我这边绘制双光子吸收光谱的时候，需要的只有最重要的是那个最大的双光子吸收截面以及对应的吸收波长，也就是第一行的内容，其他的内容都不是需要的部分。这样的话，我的输入数据是只要输入第一行的双光子吸收截面以及吸收波长就可以了吗？还说还要输入别的内容
(3)还有就这个multiwfn示例中这个8.0是什么意思，以及[color=rgba(0, 0, 0, 0.85)]UV-VIS的振子强度是无量纲的这句话是啥意思

作者
Author: cokie 时间: 2024-7-9 09:42
本帖最后由 cokie 于 2024-7-9 09:47 编辑

zhouyulin 发表于 2024-7-8 23:58
但是老师我想几个问题问一下
（1）绘制光谱的输入文件对应的横纵坐标的怎么办，我这边的纵坐标和横坐标 ...

你就用Multiwfn按紫外光谱的逻辑来绘制就行：

双光子吸收波长跟紫外吸收波长对应，都是第一列的内容（填以eV为单位的能量，但eV不需要写）；
纵坐标双光子吸收截面你就当振子强度填就行（把第二列填成双光子吸收截面的数值）
第三列的8.0是半峰宽的意思，根据你的实际需求设置（不过设置多少无所谓，你用Multiwfn载入之后，在选项8“ Input full width at half maximum (FWHM), current: 0.80000 eV”里还是可以改的）

按上述填好，用multiwfn按紫外波长读取，你就可以得到紫外的图，这时候横坐标是波长，纵坐标虽然你写的是双光子吸收截面，但是Multiwfn显示的Y轴是振子强度（数值是你自己填的双光子吸收截面的数值），这无所谓，你只需要选择2号选项“ Export X-Y data set of lines and curves to plain text file”，输出curve，自己在origin里作图，然后把纵坐标改成双光子吸收截面即可。

作者
Author: zhouyulin 时间: 2024-7-9 13:46

cokie 发表于 2024-7-9 09:42
你就用Multiwfn按紫外光谱的逻辑来绘制就行：

双光子吸收波长跟紫外吸收波长对应，都是第一列的内容（ ...

我知道了，我再去试试，谢谢老师

作者
Author: zhouyulin 时间: 2024-7-10 15:05
本帖最后由 zhouyulin 于 2024-7-10 15:18 编辑

cokie 发表于 2024-7-9 09:42
你就用Multiwfn按紫外光谱的逻辑来绘制就行：

双光子吸收波长跟紫外吸收波长对应，都是第一列的内容（ ...

老师，我昨天尝试了一下我得到的光谱，与文献数据还是差许多，是我自己的输入文件设置的有问题，还是图还需要在进行调整，我这边能用的数据绘制双光子吸收光谱的时候，需要的只有最重要的是那个最大的双光子吸收截面以及对应的吸收波长，也就是第一行的内容，其他的内容都不是需要的部分，想问一下是不是数据不够的原因

作者
Author: cokie 时间: 2024-7-10 16:03
本帖最后由 cokie 于 2024-7-10 16:05 编辑

zhouyulin 发表于 2024-7-10 15:05
老师，我昨天尝试了一下我得到的光谱，与文献数据还是差许多，是我自己的输入文件设置的有问题，还是图还 ...

半峰宽（FWHM）设窄一点就行。
我把你的log改了一下，定好了具体的半峰宽，直接加载，然后改一下横坐标范围就行了。另外其余9行数据既然没有数值，删了也可以。

作者
Author: zhouyulin 时间: 2024-7-10 19:40
本帖最后由 zhouyulin 于 2024-7-10 19:48 编辑

cokie 发表于 2024-7-10 16:03
半峰宽（FWHM）设窄一点就行。
我把你的log改了一下，定好了具体的半峰宽，直接加载，然后改一下横坐标 ...

感谢老师的帮助，我这边按照您的指导尝试一下，但是遇到了一个问题：我在multiwfn上面调试好吸收光谱图后，通过2号选项“ Export X-Y data set of lines and curves to plain text file”，输出curve文件，但是我在用origin打开curve文件的时候，发现虽然吸收光谱图是一样的，但是它显示的部分好像是x轴与左边的y轴的函数图，并不是我想要的x轴的吸收波长与右侧y轴的双光子吸收截面的函数图，而且当我在origin把刻度和范围进行调整的时候，图像直接消失。我想请教一下有什么办法解决这个情况

作者
Author: Yaoyl 时间: 2024-12-10 11:20
您好，我想问一下您通过Multiwfn软件做出双光子光谱图后，它的纵坐标是摩尔吸收系数，怎么转换成双光子吸收系数啊？

作者
Author: Yaoyl 时间: 2024-12-10 21:13

cokie 发表于 2024-7-10 16:03
半峰宽（FWHM）设窄一点就行。
我把你的log改了一下，定好了具体的半峰宽，直接加载，然后改一下横坐标 ...

老师，您好，我想问一下怎么利用摩尔吸收系数转换成双光子吸收系数啊？这边有两张图片，以摩尔吸收系数为纵坐标的是我根据dalton计算的out文件，提取数据写成txt格式，然后利用Mulitwfn处理出来的吸收光谱图，另一张是典型的双光子吸收系数光谱图，您看一下是我哪个地方不太对？下面附了相应的数据文件。

作者
Author: cokie 时间: 2024-12-10 22:16

Yaoyl 发表于 2024-12-10 21:13
老师，您好，我想问一下怎么利用摩尔吸收系数转换成双光子吸收系数啊？这边有两张图片，以摩尔吸收系数为 ...

sob老师multiwfn绘制uv-vis光谱时得到的摩尔消光系数，是根据激发能+对应振子强度根据高斯展宽得到的。具体公式可以搜multiwfn手册里的关键词“Theory of CTS”。

你在用multiwfn绘制双光子吸收系数/吸收界面曲线时所用的.txt文件，实际上就是把绘制紫外时，所需要的激发能和对应的振子强度，换成了吸收系数和对应的吸收截面罢了。所以按uv-vis绘制出来光谱所得到的消光系数，实际上就是通过“吸收系数+对应吸收截面”进行高斯展宽得到的，所以根据公式逆推回去，自然就能把纵坐标推回相应的双光子吸收系数。

作者
Author: Yaoyl 时间: 2024-12-11 10:20

cokie 发表于 2024-12-10 22:16
sob老师multiwfn绘制uv-vis光谱时得到的摩尔消光系数，是根据激发能+对应振子强度根据高斯展宽得到的。具 ...

谢谢老师，老师我还想问一下我这边在multiwfn中利用高斯展宽得到了光谱图，因为高斯函数里面没摩尔吸收系数，如何按照您说的利用现有的数据进行逆推啊？

作者
Author: cokie 时间: 2024-12-11 12:03

Yaoyl 发表于 2024-12-11 10:20
谢谢老师，老师我还想问一下我这边在multiwfn中利用高斯展宽得到了光谱图，因为高斯函数里面没摩尔吸收系 ...

参看multiwfn手册

作者
Author: Yaoyl 时间: 2024-12-11 20:57

cokie 发表于 2024-12-11 12:03
参看multiwfn手册

老师，我根据您分享的内容，查看了muitiwfn手册的对应部分，里面有关于激发能、振子强度和摩尔吸收吸收系数的公式，里面我有两个问题，一个是反推的话，公式是加权求和并且高斯函数及其中的参数未知，第二个问题是我是通过利用激发能和双光子吸收截面在multiwfn中展宽得到光谱图，利用代入公式的是不是也是反推出激发能和双光子吸收截面？这个双光子吸收系数的反推还是不太清楚，能不能再辛苦老师指导一下

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