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标题: 蛋白在钙蒙脱石吸附如何设置参数 [打印本页]

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Author: chenchen1 时间: 2024-7-9 15:32
标题: 蛋白在钙蒙脱石吸附如何设置参数
本帖最后由 chenchen1 于 2024-7-9 16:08 编辑

各位老师好，我构建了镉离子在钙基蒙脱石上的吸附体系如图，

，黄色是镉离子，蓝色是钙离子，

短暂跑了2ns后，

，怀疑是由于设置了pbc=xyz，使矿物的另一面在z方向吸附镉离子，
请问，如果是研究吸附过程的话，是不是应该设置mdp文件为pbc=xy，cut-off-scheme=group,coulombtype=cut-off,vdwtype=PME不做控压，还是使用pbc=xyz对这个体系没有影响。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-10 16:00
说明这是真空环境还是溶剂环境

作者
Author: chenchen1 时间: 2024-7-14 17:27

sobereva 发表于 2024-7-10 16:00
说明这是真空环境还是溶剂环境

老师，是在溶剂环境下

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-16 22:29

chenchen1 发表于 2024-7-14 17:27
老师，是在溶剂环境下

我不清楚你预期镉离子会怎么吸附。如果镉离子吸附到另一面就是理应发生的现象，当前没有问题。如果不该吸附到那边，用XY周期性也可以，但有可能模拟过程中水分子不断逸出到真空，需要用wall挡住

作者
Author: c00jsw00 时间: 2024-7-17 04:11
1.以MD力場參數來看镉离子吸附在蛋白質某一個位置可能是緣木求魚..
2.Dissipative particle dynamics (DPD)這些方法應該比較適合你的研究

作者
Author: chenchen1 时间: 2024-7-24 15:15

c00jsw00 发表于 2024-7-17 04:11
1.以MD力場參數來看镉离子吸附在蛋白質某一個位置可能是緣木求魚..
2.Dissipative particle dynamics (DPD ...

老师您好，我们想要关注的是镉在蒙脱石上的吸附，请问这样的设置会合理一些吗

作者
Author: c00jsw00 时间: 2024-7-27 09:01
你好,
問題是你要研究離子吸附在蛋白質上,本質上僅靠ELEC & VWD這兩個簡單的MD FF無法達到你要研究的目的..

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