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标题: 求助，关于蛋白与小分子CO2作用力场参数的确定 [打印本页]

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Author: FalseAndRight 时间: 2024-7-9 20:18
标题: 求助，关于蛋白与小分子CO2作用力场参数的确定
各位大佬好，我目前在做蛋白+小分子CO2的分子动力学模拟，在蛋白力场上选择了Amber99SB（参考了文献），小分子CO2选择了刚性TraPPE模型，但是两者之间的相互作用我存在一定的疑问：
1. 水分子体系选择的TIP3P，与蛋白体系相适应，但是关于水分子个数的问题，比如Box大小15nm，我是不是应该让水分子密度抵达1g/cm3，这样我计算出的水分子数目大致在11万左右，这么合理吗？
2. 三种物质（蛋白、水、CO2）之间的相互作用，是不是只考虑非键相互作用了？（个人感觉键作用应该不需要考虑了，不然就涉及反应了），那么，它们之间的相互作用应该怎么去考虑呢？我目前的想法是，看见文献一般只用LJ非键作用，而不同物质之间的LJ参数都是基于混合规则（比如LB）来计算的，是只有这种方法吗？
3. 我老师告诉我，希望可以调整蛋白与CO2之间的LJ参数，他希望我通过DFT计算来获得相关的参数值？可取吗？
以上，谢谢各位大佬帮我解答一下，无论有没有帮助，都万分感谢！

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