计算化学公社

标题: vmd中导入xyz轨迹文件之后，想要统计每一帧产物和基团的数量应该怎么做？ [打印本页]

作者
Author: SUCCINUM 时间: 2024-7-9 22:28
标题: vmd中导入xyz轨迹文件之后，想要统计每一帧产物和基团的数量应该怎么做？
vmd中导入xyz轨迹文件之后，想要统计每一帧产物和基团（如CO、CO2、C=O、-COOH）的数量应该怎么做呢？求助具体写脚本的思路，如果有类似已经成型脚本能够提供则感谢不尽

作者
Author: Loading0760 时间: 2024-7-10 09:35
一个思路是用python,把轨迹导入成图,有现成的库,例如xyz2graph.
得到networkx格式的图之后,就可以通过节点的度和label,判断官能团.

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-10 15:45
自己写VMD tcl脚本，根据原子的元素、成键数目以及成键的对象的元素分类判断。
要么转换格式，试图借助一些专门的工具，如北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）里提到的这些：
(, 下载次数 Times of downloads: 20)

作者
Author: SUCCINUM 时间: 2024-7-10 16:45

sobereva 发表于 2024-7-10 15:45
自己写VMD tcl脚本，根据原子的元素、成键数目以及成键的对象的元素分类判断。
要么转换格式，试图借助一 ...

感谢sob老师，已经结合刘强开发的脚本检索成功

作者
Author: wildon 时间: 2024-12-16 16:31

SUCCINUM 发表于 2024-7-10 16:45
感谢sob老师，已经结合刘强开发的脚本检索成功

请问如何实现的，可以分享一下嘛，谢谢

作者
Author: wildon 时间: 2024-12-16 16:46

wildon 发表于 2024-12-16 16:31
请问如何实现的，可以分享一下嘛，谢谢

已解决，采用http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=45208提到的脚本，做了一点小修改

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