计算化学公社

标题: 报错 ORCA finished by error termination in CIS ，求助 [打印本页]

作者
Author: 526827797 时间: 2024-7-10 16:24
标题: 报错 ORCA finished by error termination in CIS ，求助
各位老师好，我在用ORCA计算COF片段的TDDFT遇到了这样的报错，但是没有
“Rebuilding of the RPA subspace failed because there are no old eigenvectors”这句提示，求教这是什么问题，该如何解决

ORCA finished by error termination in CIS
Calling Command: mpirun -np 256 --allow-run-as-root /work/home/acrsgru5zp/apprepo/orca/5.0.4-openmpi411/app/orca_cis_mpi TAPT-F-TD.cisinp.tmp TAPT-F-TD
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 465]:
.... aborting the run

TAPT-F-TD.inp

6.34 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

输入文件

TAPT-F-TD.rar

76.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

out文件

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-7-10 16:43
你的机子有256*320000MB = 80T物理内存吗？

作者
Author: 526827797 时间: 2024-7-10 20:34

wzkchem5 发表于 2024-7-10 16:43
你的机子有256*320000MB = 80T物理内存吗？

没有这么多，但是我改成64*12000MB之后，它又多出了这个报错
slurmstepd: error: Detected 1428 oom-kill event(s) in StepId=8723798.batch. Some of your processes may have been killed by the cgroup out-of-memory handler.

之前这个ORCA finished by error termination in CIS报错也还是存在

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-7-10 23:02

526827797 发表于 2024-7-10 13:34
没有这么多，但是我改成64*12000MB之后，它又多出了这个报错
slurmstepd: error: Detected 1428 o ...

提交队列的脚本，是否也要单独指定用多少内存？那里指定的内存和输入文件里指定的相符吗？

作者
Author: 526827797 时间: 2024-7-11 00:09

wzkchem5 发表于 2024-7-10 23:02
提交队列的脚本，是否也要单独指定用多少内存？那里指定的内存和输入文件里指定的相符吗？

#!/bin/bash
#SBATCH -J orca
#SBATCH -N 2
#SBATCH -n 256
#SBATCH --exclusive
#SBATCH -p xhacnormalb

这是脚本里写的，用的曙光超算，每个节点有128核，512内存

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-7-11 01:36

526827797 发表于 2024-7-10 17:09
#!/bin/bash
#SBATCH -J orca
#SBATCH -N 2

512G的内存？那你为什么指定64*12000MB？64*12000MB=768GB

作者
Author: 526827797 时间: 2024-7-11 09:31

wzkchem5 发表于 2024-7-11 01:36
512G的内存？那你为什么指定64*12000MB？64*12000MB=768GB

因为用了两个节点，用一个节点的时候还是会oom kill

作者
Author: xdyjiay 时间: 2024-7-27 22:54

526827797 发表于 2024-7-11 09:31
因为用了两个节点，用一个节点的时候还是会oom kill

想请问一下这个问题解决了吗，我也遇到了一样ORCA finished by error termination in CIS的报错，谢谢!

作者
Author: KSeGaSn 时间: 2024-7-28 01:10
首先 COF挖出来这个大小的片段大概率不值得用def2-TZVP还来算激发态；
其次不知道你是什么目的一定要这么多核去计算整体内存不变的情况下多核使得内存没法往高拉超过48核没什么性价比还不如减少到24核左右把内存拉到极限更何况你甚至还在跨节点用…
我自己算了一下内存给到20G/core就很方便的算下去了，换成def2-SVP这种大小的基组，600个原子的COF片段也能保证在不太高的强度下计算激发态。
最后获得NTO还是用Multiwfn比较方便。

作者
Author: KSeGaSn 时间: 2024-7-28 01:11

xdyjiay 发表于 2024-7-27 22:54
想请问一下这个问题解决了吗，我也遇到了一样ORCA finished by error termination in CIS的报错，谢谢!

不妨先说一下自己的体系大小和计算资源大小，如果你的报错严格和楼主相同的话那大概率是因为这两个大小失配，加大你的内存试试。

作者
Author: xdyjiay 时间: 2024-7-28 19:39

KSeGaSn 发表于 2024-7-28 01:11
不妨先说一下自己的体系大小和计算资源大小，如果你的报错严格和楼主相同的话那大概率是因为这两个大小失 ...

谢谢您的回复，非常抱歉我没说清楚，我的任务是用orca计算激发态动力学，out文件的md部分未计算任务就结束了，在out文件里没有找到报错部分，在tempout.txt里显示ORCA finished by error termination in CIS
Calling Command: mpirun -np 10 /usr/local/cui/orca/orca-6.0.0-openmpi416/orca_cis_mpi test.cisinp.tmp test >>test.cis.log
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 394]:
.... aborting the run
体系大小是44个原子，bp86/def2-SV(P)，10核，每核10000maxcore ，同样的输入文件用orca5.04可以算，用orca6.0跑，md部分未计算就结束了。希望各位老师能指点一下！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-7-28 20:23

xdyjiay 发表于 2024-7-28 12:39
谢谢您的回复，非常抱歉我没说清楚，我的任务是用orca计算激发态动力学，out文件的md部分未计算任务就结 ...

报错已经说得很清楚了，gbw文件格式不对或者被覆盖了

作者
Author: xdyjiay 时间: 2024-7-28 21:06

wzkchem5 发表于 2024-7-28 20:23
报错已经说得很清楚了，gbw文件格式不对或者被覆盖了

但是老师，当我把gbw文件删了，重新计算后，又出现了一样的报错，想请问一下应该怎么解决这个报错问题

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-7-29 02:09

xdyjiay 发表于 2024-7-28 14:06
但是老师，当我把gbw文件删了，重新计算后，又出现了一样的报错，想请问一下应该怎么解决这个报错问题

“The File: test.gbw exists"这一行仍然存在吗？

作者
Author: popeyezheung 时间: 2024-7-29 09:39
orca运行报错ORCA finished by error termination in CIS
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 5&fromuid=50380
(出处: 计算化学公社)
今年1月也有人发了类似题目的疑问

作者
Author: xdyjiay 时间: 2024-7-29 10:31

popeyezheung 发表于 2024-7-29 09:39
orca运行报错ORCA finished by error termination in CIS
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthre ...

谢谢您的回复，我的情况和这个帖子有些不一样，同样的输入文件，同一个机子，我用orca5.04可以算，用orca6.0出现报错，应该不是内存的原因。

作者
Author: xdyjiay 时间: 2024-7-29 10:32

wzkchem5 发表于 2024-7-29 02:09
“The File: test.gbw exists"这一行仍然存在吗？

是的，老师，尝试了很多遍，仍然存在“The File: test.gbw exists"这一行

作者
Author: popeyezheung 时间: 2024-7-29 10:51

xdyjiay 发表于 2024-7-29 10:31
谢谢您的回复，我的情况和这个帖子有些不一样，同样的输入文件，同一个机子，我用orca5.04可以算，用orca ...

既然如此，那么感觉可能新出的6.0有bug吧

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-7-29 21:14

xdyjiay 发表于 2024-7-29 03:32
是的，老师，尝试了很多遍，仍然存在“The File: test.gbw exists"这一行

原则上讲，orca不可能在一个文件不存在的时候说这个文件存在，很难想象什么样的bug会导致orca以为一个不存在的文件存在。
你做计算的时候，是用了一个脚本，把输入文件拷到另一个地方再做的计算吗？

作者
Author: xdyjiay 时间: 2024-7-30 16:34

wzkchem5 发表于 2024-7-29 21:14
原则上讲，orca不可能在一个文件不存在的时候说这个文件存在，很难想象什么样的bug会导致orca以为一个不 ...

老师，我是在节点里面的scratch文件夹用脚本提交作业，输入文件就在scratch文件夹里面计算。
另外，我试着用同一个机子，同一个脚本用orca6提交基态动力学的任务，没有报错，同样同一个机子同一个脚本用orca6提交激发态计算也没有报错，但是提交激发态动力学的时候就出现问题.

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-7-30 16:37

xdyjiay 发表于 2024-7-30 09:34
老师，我是在节点里面的scratch文件夹用脚本提交作业，输入文件就在scratch文件夹里面计算。
另外，我试 ...

所以要仔细检查你的脚本，以及scratch文件夹里的已有内容。尤其是确定scratch文件夹里是否本来就有test.gbw

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