计算化学公社

标题: 求助使用Gaussian对过渡态进行柔性扫描报错l103问题 [打印本页]
作者
Author: 400__LUX    时间: 2024-7-11 17:14
标题: 求助使用Gaussian对过渡态进行柔性扫描报错l103问题
在考虑过渡态内部受阻转子时，需要采用柔性扫描的方法对分子片段的转动进行扫描。我尝试复现文献中CH3OCHO和NO2的反应，过渡态如下图，在考虑NO2的旋转时存在以下问题：对2-1-10-9二面角进行10°一扫描，如果冻结原子1 7 10,则扫描过程中一直出现“ RedCar failed.” l103报错，查阅相关帖子可能是冻结的变量和扫描变量存在耦合，但是如果不冻结原子1 7 10，则柔性扫描在第二步会优化为产物的结构，7和10会成键，即CH2OCHO自由基和cis-HONO。所以想请教各位大佬针对过渡态应该如何考虑扫描变量和冻结原子才能正常进行柔性扫描？
(, 下载次数 Times of downloads: 27)
作者
Author: sobereva    时间: 2024-7-11 23:22
手动做一次次的限制性优化
作者
Author: 400__LUX    时间: 2024-7-12 09:47
sobereva 发表于 2024-7-11 23:22
手动做一次次的限制性优化

谢谢sob老师，我昨晚尝试了不固定1 7 10原子，而是固定1和7,10和7的距离，发现可以完成扫描，在扫描的过程中C1和O10会围绕H7转，NO2的O11和H6比较接近会拉长C1-H6键长，问一下您这种扫描方式是可行的吗。后续我想在做几组限制性优化对比一下。
作者
Author: sobereva    时间: 2024-7-12 15:07
400__LUX 发表于 2024-7-12 09:47
谢谢sob老师，我昨晚尝试了不固定1 7 10原子，而是固定1和7,10和7的距离，发现可以完成扫描，在扫描的过 ...

我不十分清楚你的需求，以实测为准
作者
Author: 400__LUX    时间: 2024-7-12 16:32
sobereva 发表于 2024-7-12 15:07
我不十分清楚你的需求，以实测为准

好的，谢谢老师，我在验证一下。
作者
Author: wxyhgk    时间: 2024-7-13 10:06
直接把结构和需求给我我帮你找
作者
Author: 400__LUX    时间: 2024-7-14 11:10
wxyhgk 发表于 2024-7-13 10:06
直接把结构和需求给我我帮你找

好的，谢谢大佬，结构是文献中给的过渡态，如下文件所示。目的和需求是扫描这个过渡态中NO2的内转动来考虑低频受阻转子对速率的影响。故扫描的2-1-10-9这个二面角，步长为10，为了防止扫描过程中H和两边分子片段结合成产物/反应物，固定了与过渡态相关的原子，这个文件给的是固定1,7和10号原子。后续我自己也尝试了另一个类似体系的固定间距方法和分别做限制性优化的方法，发现分别做限制性优化更符合（扫描开始和扫描最后结构基本相同，能量差在10^-4级别）。
(, 下载次数 Times of downloads: 12)

作者
Author: wxyhgk    时间: 2024-7-14 14:51
本帖最后由 wxyhgk 于 2024-7-14 15:02 编辑

ok，算了两个小时左右搞出来。


计算版本和平台
  1. 系统：Ubuntu 20.04
  2. Gaussian 版本：G16 C.01
  3. CPU: AMD 5950x
复制代码


输入文件

  1. %Cpu=0-15
  2. %Mem=54GB
  3. %Chk=NO2_rotor.chk
  4. #P Opt=(modredundant,GIC) Nosymm m062X/6-311+G(2df,2p)

  6. Title Card Required

  8. 0 2
  9. C                 -0.46328500    1.37649800    0.30513300
  10. O                 -1.19066600    0.73764400   -0.67273400
  11. C                 -1.77512000   -0.44053200   -0.33918800
  12. O                 -1.78819500   -0.90673200    0.75199800
  13. H                 -0.37261600    2.43188200    0.07244300
  14. H                 -0.74829100    1.11702000    1.32010800
  15. H                  0.81126600    0.98527300    0.23538200
  16. H                 -2.23663900   -0.87304900   -1.23042200
  17. N                  2.11137100   -0.55984600   -0.07847500
  18. O                  2.00761800    0.69680100    0.15909100
  19. O                  1.12088200   -1.19746300   -0.19383700  

  21. DihScan(StepSize=10.0,NSteps=36) = D(2,1,10,9)
  22. Dist1(freeze)=R(1,7)
  23. Dist2(freeze)=R(1,10)


复制代码


从第30步左右报错，成键了感觉，后续看看怎么处理

(, 下载次数 Times of downloads: 28)

从第 29 步看
(, 下载次数 Times of downloads: 26)


再往下转 10 度，就会遇到强烈的位阻，使 C1-H7-C10 这三个只能散开，解决办法也有，就是在转的过程中同时拉开这三个原子的角度
(, 下载次数 Times of downloads: 32)


但是如果这样可能就会发生能量上比较大的差异了


输出文件

https://www.123pan.com/s/U8JrVv-SEVEH.html


作者
Author: 400__LUX    时间: 2024-7-14 18:42
wxyhgk 发表于 2024-7-14 14:51
ok，算了两个小时左右搞出来。

计算版本和平台

谢谢大佬。从您输入来看，如果想扫描还是要以固定过渡态这边原子距离为主。我再多试几个体系看看有没有类似问题。
作者
Author: wxyhgk    时间: 2024-7-14 19:10
400__LUX 发表于 2024-7-14 18:42
谢谢大佬。从您输入来看，如果想扫描还是要以固定过渡态这边原子距离为主。我再多试几个体系 ...

你可以这么做：固定三个原子的距离和三个原子的键角，柔性扫描过程中可能键角会发生改变，这样就会导致散开
作者
Author: wxyhgk    时间: 2024-7-14 21:31
  1. %Cpu=0-47
复制代码

似乎可以了，全部固定一下



(, 下载次数 Times of downloads: 31)

使用 dihedral(freeze)=D(1,2,3,4) 部分固定一下这部分键角，防止 4 号 O 乱跑
[attach]95316[/attach]




输出文件
https://www.123pan.com/s/U8JrVv-vkVEH.html
作者
Author: wxyhgk    时间: 2024-7-14 21:31
本帖最后由 wxyhgk 于 2024-7-14 21:32 编辑

复制代码




输入文件：
  1. %Cpu=0-47
  2. %Mem=60GB
  3. %Chk=NO2_rotor.chk
  4. #P Opt=(modredundant,GIC) Nosymm m062X/6-311+G(2df,2p)

  6. Title Card Required

  8. 0 2
  9. C                 -0.46328500    1.37649800    0.30513300
  10. O                 -1.19066600    0.73764400   -0.67273400
  11. C                 -1.77512000   -0.44053200   -0.33918800
  12. O                 -1.78819500   -0.90673200    0.75199800
  13. H                 -0.37261600    2.43188200    0.07244300
  14. H                 -0.74829100    1.11702000    1.32010800
  15. H                  0.81126600    0.98527300    0.23538200
  16. H                 -2.23663900   -0.87304900   -1.23042200
  17. N                  2.11137100   -0.55984600   -0.07847500
  18. O                  2.00761800    0.69680100    0.15909100
  19. O                  1.12088200   -1.19746300   -0.19383700  

  21. DihScan(StepSize=-10.0,NSteps=5) = D(2,1,10,9)
  22. Dist1(freeze)=R(1,7)
  23. Dist2(freeze)=R(1,10)
  24. dihedral(freeze)=D(1,2,3,4)


复制代码


[attach]95315[/attach]

使用 dihedral(freeze)=D(1,2,3,4) 部分固定一下这部分键角，防止 4 号 O 乱跑
(, 下载次数 Times of downloads: )




输出文件
https://www.123pan.com/s/U8JrVv-vkVEH.html
作者
Author: 400__LUX    时间: 2024-7-21 22:04
wxyhgk 发表于 2024-7-14 21:31
输入文件：

谢谢大佬。这几天没法评论，顺带尝试了一些体系，基本上只要合理地冻结原子距离就能够计算出结果。



欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3