计算化学公社

标题: gmx运行rerun无法得到LJ-SR和Coul-SR [打印本页]

作者
Author: dayu8278 时间: 2024-7-12 11:02
标题: gmx运行rerun无法得到LJ-SR和Coul-SR

各位老师，我的体系是模拟蛋白1和蛋白2在Mg2+的影响下的互作问题。

其中蛋白1和蛋白2从整体看都是带负电的蛋白质，Mg2+是正电，所以Mg与蛋白应该是具有很强的静电吸引，二者的Coul-SR应该为正。

按照卢老师教程，我利用PME计算了体系的长程静电部分（见md.mdp），然后用energygrps = MG a_1-4094 a_4095-8097 （MG、a_1-4094、a_4095-8097分别指代Mg2+离子、蛋白1和蛋白2）以及coulombtype  = cut-off，其中计算能量部分参数设置为：

cutoff-scheme          = Verlet
nstlist                = 20
vdwtype                = Cut-off
vdw-modifier          = Force-switch
rvdw_switch          = 1.0
rvdw                   = 8.0
rlist                = 8.0
rcoulomb             = 8.0
coulombtype          = cut-off

rerun的mdp请详见rerun.mdp，cutoff-scheme = group在gmx2022.2版本中不再支持，所以这里我就没有修改。算晚的能量平均输出非常奇怪，截图如下：

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14部分居然不为0，SR部分都是0，请问各位老师，问题出在哪里，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-12 13:41
仔细检查索引文件里的序号确保无误。如果无误，改成gromacs 2018.8结合cutoff-scheme = group再试

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