计算化学公社

标题: 求助，运行时间超过24h，请各位大神帮忙看看是任务提交的不正确吗？ [打印本页]

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Author: luckyfengfeng 时间: 2024-7-12 11:19
标题: 求助，运行时间超过24h，请各位大神帮忙看看是任务提交的不正确吗？
新手第一次学习dalton，在超算中心装的软件，sob老师在论坛给的例子NH3BF3跑了11分钟跑完了，跑自己的分子时候已经超过24h，实时文件中产生的HALF1.DA和HALF3.DA都超过150G，但实时的.out文件已经12个小时没有动过了（图1），和计算成功的案例对比卡住的地方也不太一样，这里显示 Integral transformation order 4 for inactive+active orbitals.而NH3BF3体系中好像没有这个（图2），我的分子是一个共晶，算的是个双分子dimer体系（图3），具有一定的CT作用，不知道我直接用NH3BF3一样的算法是否合理，各位大神能帮我看看我提交的脚本和命令有什么不对的地方吗？计算时长这么长合理吗？我需要停止还是等它再跑跑看呢，谢谢

作者
Author: luckyfengfeng 时间: 2024-7-13 19:42
目前已经两天多没动了，HALF1.DA和HALF3.DA文件加起来超过500g了，目前这两个文件没有继续增大了，有一个MOTWOINT文件在增大，不知道这种现象是正确的嘛？还是计算选择机组啥的不对，白白的浪费了计算资源

作者
Author: yufengerfei 时间: 2024-7-26 02:04
NH3BF3跑了11分钟有点慢，应该没有用上并行，你的out文件中Compilation information下的MPI后面是off的。正常32核的话可能几秒钟就跑完了。

作者
Author: luckyfengfeng 时间: 2024-7-26 11:57

yufengerfei 发表于 2024-7-26 02:04
NH3BF3跑了11分钟有点慢，应该没有用上并行，你的out文件中Compilation information下的MPI后面是off的。正 ...

谢谢您的回复，我看网上有的体系并行容易出错，因为第一次算所以单线程跑的，现在这个任务已经跑了10几天了还没有报错和停下的趋势，感觉好不正常
还有一个小问题想请教您，我们是在超算中心提交的，并行的话是这里的N改为更大的数值吗?"#SBATCH -N 1",多节点运行排队时间有点长

作者
Author: yufengerfei 时间: 2024-7-26 19:00

luckyfengfeng 发表于 2024-7-26 11:57
谢谢您的回复，我看网上有的体系并行容易出错，因为第一次算所以单线程跑的，现在这个任务已经跑了10几天 ...

我感觉我用的服务器应该和你是一个，你让技术员给你处理下并行就可以

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Author: luckyfengfeng 时间: 2024-7-26 22:02

yufengerfei 发表于 2024-7-26 19:00
我感觉我用的服务器应该和你是一个，你让技术员给你处理下并行就可以

好的，已经解决了，万分感谢

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