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标题: 通过antechamber转PDB文件为MOL2文件出现问题请问怎么解决 [打印本页]

作者
Author: yangjunfang 时间: 2024-7-12 17:07
标题: 通过antechamber转PDB文件为MOL2文件出现问题请问怎么解决
各位老师好，我想使用amber产生力场文件，然后首先是产生mol2文件，通过PDB文件产生mol2文件时出现下图的问题，请问该怎么解决

作者
Author: student0618 时间: 2024-7-12 18:29
What kind of molecules you are working on? Antechamber is used to handle small molecules, not a whole protein.
If it is a protein/nucleic acid with standard forcefield parameters available, you should use the forcefield files provided and prepare the file in tleap/xleap. Refer to amber tutorials on their official website for details.

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-12 18:33
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “通过antechamber转PDB文件为MOL2文件” 改了，以后务必注意

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-12 18:35
成键方式特殊的情况用antechamber没法转，可以用GaussView、Openbabel转

作者
Author: yangjunfang 时间: 2024-7-14 12:15

sobereva 发表于 2024-7-12 18:35
成键方式特殊的情况用antechamber没法转，可以用GaussView、Openbabel转

好的，谢谢sob老师

作者
Author: yangjunfang 时间: 2024-7-14 12:16

student0618 发表于 2024-7-12 18:29
What kind of molecules you are working on? Antechamber is used to handle small molecules, not a whol ...

thank you so much

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