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标题: 如何修改.lsf脚本文件用于运行optDFTw? [打印本页]

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埃布-wang    时间: 2024-7-13 09:00
标题: 如何修改.lsf脚本文件用于运行optDFTw?
超算的集群上装了Gaussian09,也能直接用optDFTw(sober老师提供的优化w)程序,但直接运行就只能在一个节点下使用。
常规多节点任务提交是用的.lsf文件提交,尝试自行修改.lsf脚本文件,用于运行optDFTw程序,但总是运行失败。
在此想请教各位大神如何修改,谢谢!


以下是.lsf脚本文件:
#!/bin/bash
APP_NAME=Gsx_normal
NP=36
NP_PER_NODE=36
RUN="RAW"
CURDIR=$PWD

INPUT=template.gjf
OUTPUT=template.out

# user gaussian with linda
export g09root=/home_gsx/Soft/Gaussian.D01.Linda
. $g09root/g09/bsd/g09.profile
export GAUSS_EXEDIR=$g09root/g09
export PATH=$g09root/g09:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$g09root/g09

cd $PWD
mkdir scratch
export GAUSS_SCRDIR=$PWD/scratch
#start creating .nodelist
rm -f $PWD/nodelist >& /dev/null
for i in `echo $LSB_HOSTS`
do
    echo "$i" >> $PWD/nodelist
done
nodelist=$(cat $PWD/nodelist | uniq | awk '{print $1}' | tr '\n' ',')
NProcShared=$NP_PER_NODE
cat $INPUT | sed -e "s/%[Nn][Pp][Rr][Oo][Cc][^ \t]*=[0-9]*//" \
           | sed -e "s/%[Ll][Ii][Nn][Dd][Aa][^ \t]*//" \
           | sed -e "1i\%NProcShared=$NProcShared" \
           | sed -e "1a\%LindaWorker=$nodelist" \
           | sed -e "s/\r$//"  \
           >"$INPUT".linda

## Gaussian 09 setup
date > time
g09 < "$INPUT".linda > $OUTPUT
date >> time
rm -rf scratch
rm nodelist
sleep 1








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