计算化学公社

标题: Gromacs计算不同组之间的相互作用各个选项是什么含义 [打印本页]

作者
Author: yixiansheng 时间: 2024-7-13 11:26
标题: Gromacs计算不同组之间的相互作用各个选项是什么含义
本帖最后由 yixiansheng 于 2024-7-14 09:34 编辑

我的体系是28个Na离子和28个Li离子，四层GO（氧化石墨烯），施加压力让离子穿过GO通道。
我打算计算离子与GO之间的范德华和静电相互作用。分别设定两个能量组，离子和MOl，其中MOL代表氧化石墨烯。
那我能量组就分别设置Li和MOL，然后gmx energy选项中的LJ（SR）：LI-MOL是不是就代表LI离子和氧化石墨烯之间的范德华作用，而Coul（SR）：LI-MOL代表LI离子和氧化石墨烯之间的静电作用。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-13 12:08
提问时不要用GO这样不常见的缩写，虽然领域内的人可能会意识到指的是氧化石墨烯

a、b指代不明，哪个部分对应哪个索引组说清楚

仔细看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

作者
Author: yixiansheng 时间: 2024-7-13 19:45

sobereva 发表于 2024-7-13 12:08
提问时不要用GO这样不常见的缩写，虽然领域内的人可能会意识到指的是氧化石墨烯

a、b指代不明，哪个部分 ...

好的，谢谢sob老师，已经修改。比如我要计算Li离子和氧化石墨烯之间的相互作用。那我能量组就分别设置Li和GO，然后gmx energy选项中的LJ（SR）：LI-GO是不是就代表LI离子和氧化石墨烯之间的范德华作用，而Coul（SR）：LI-GO代表LI离子和氧化石墨烯之间的静电作用，

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-13 21:45
你的截图里根本没有LJ（SR）：LI-GO

作者
Author: yixiansheng 时间: 2024-7-14 09:35

sobereva 发表于 2024-7-13 21:45
你的截图里根本没有LJ（SR）：LI-GO

不好意思，sob老师，截图截的是CL离子的。目前已经修改，LI代表所有LI离子，MOL代表氧化石墨烯。LJ(SR)LI-MOL是不是就代表LI离子和氧化石墨烯之间的范德华作用，而Coul（SR）：LI-MOL代表LI离子和氧化石墨烯之间的静电作用，

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-16 22:54

yixiansheng 发表于 2024-7-14 09:35
不好意思，sob老师，截图截的是CL离子的。目前已经修改，LI代表所有LI离子，MOL代表氧化石墨烯。LJ(SR)LI ...

如果你用的cutoff方式而非PME等方式算的静电作用，就是
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt：

(, 下载次数 Times of downloads: 14)

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