计算化学公社

标题: 如何查看用Gaussian 09计算的T1 state的能量？ [打印本页]

作者
Author: 千面追风 时间: 2024-7-13 13:42
标题: 如何查看用Gaussian 09计算的T1 state的能量？
本帖最后由千面追风于 2024-7-13 23:19 编辑

如题，楼主用基态优化后的结果使用0 3的方法计算了分子三重态的能量，但无法从log文件里找到相应的三重态的能量值。
因此想询问各位大佬如何查看T1的能量，不胜感激。[url=]新建文件夹.zip[/url]

作者
Author: wcy鱼饵 时间: 2024-7-13 14:55
你要确保log文件已经进行下去了可以将log文件拖到GaussView中查看能量

作者
Author: 千面追风 时间: 2024-7-13 15:21

wcy鱼饵发表于 2024-7-13 14:55
你要确保log文件已经进行下去了可以将log文件拖到GaussView中查看能量

谢谢回复！想问一下”log文件进行下去了“具体是什么意思？
以及您说的”拉到GaussianView“里观看指的是右键results后summary里面的E的值吗？

作者
Author: 千面追风 时间: 2024-7-13 15:24

wcy鱼饵发表于 2024-7-13 14:55
你要确保log文件已经进行下去了可以将log文件拖到GaussView中查看能量

注：我想求的T1值是和以下进行TD-DFT计算计算S1 state后log文件里显示的
Excited State 1:    Singlet-A    2.7279 eV  454.50 nm  f=0.0530  <S**2>=0.000
   241 ->243       0.11955
   242 ->243       0.68914
中与2.7279eV相对应的值

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-7-13 15:35
本帖最后由 zjxitcc 于 2024-7-13 16:43 编辑

千面追风发表于 2024-7-13 15:24
注：我想求的T1值是和以下进行TD-DFT计算计算S1 state后log文件里显示的
Excited State 1: Sing ...

2.7279 eV不是S1态的能量，是S0 -> S1的激发能，是S1与S0的相对能量。S1态的绝对能量 = S0态的绝对能量加2.7279 eV。

如果是HF方法、纯泛函、杂化泛函方法做的计算，输出文件里搜索SCF Done，最后一次出现的这个关键词，那一行的能量就是T1的绝对能量。如果你想要S0-T1相对能量，自己作差。三重态UDFT计算不是TD激发态计算，没有Excited State 1: Singlet-A这种标识。如果不是HF方法、纯泛函、杂化泛函等方法，又或者你想举一反三，看《谈谈该从Gaussian输出文件中的什么地方读电子能量》http://sobereva.com/488

作者
Author: wxyhgk 时间: 2024-7-13 16:40
本帖最后由 wxyhgk 于 2024-7-13 16:41 编辑

这里假设你用的密度泛函理论来做的，

1. 手动做法
使用 Linux 命令

vim t1.log

复制代码

t1.log 是你的输出文件，然后

/SCF Done

复制代码

回车，英文输入法状态下，按住 shift + n 可以逆向搜索到最后一个，就是你需要的能量

(, 下载次数 Times of downloads: 17)

2. 直接使用 shell 命令，更快更准

grep "SCF Done:" t1.log | tail -n 1 | awk -F'=' '{print $2}' | awk '{print $1}'

复制代码

t1.log 改成你的文件名字，然后就能直接得到能量了

(, 下载次数 Times of downloads: 15)

作者
Author: 千面追风 时间: 2024-7-13 21:42

zjxitcc 发表于 2024-7-13 15:35
2.7279 eV不是S1态的能量，是S0 -> S1的激发能，是S1与S0的相对能量。S1态的绝对能量 = S0态的绝对能量加 ...

谢谢老师回复！感激不尽！

作者
Author: 千面追风 时间: 2024-7-13 22:03

zjxitcc 发表于 2024-7-13 15:35
2.7279 eV不是S1态的能量，是S0 -> S1的激发能，是S1与S0的相对能量。S1态的绝对能量 = S0态的绝对能量加 ...

不好意思，想继续询问一下：
我的Gaussian计算出S1 state的绝对能量为-2932.163055Hartree，基态优化得到的绝对能量是-2932.254613Hartree（都是从GaussianView里result后summary中得出，并在log文件里检查过），这两个之间的相对能量为0.091558*21.2114，即2.49eV，但由以上进行TD-DFT计算后得出的S1-S0能量差为2.7279eV（log文件里三个计算的激发态里的最低值），这是什么原因造成的呢？
望老师不吝赐教！

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-7-13 22:35

千面追风发表于 2024-7-13 22:03
不好意思，想继续询问一下：
我的Gaussian计算出S1 state的绝对能量为-2932.163055Hartree，基态优化得 ...

上传log文件

作者
Author: 千面追风 时间: 2024-7-13 23:19

zjxitcc 发表于 2024-7-13 22:35
上传log文件

已经在一楼上传啦！谢谢老师！

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-7-14 01:11

千面追风发表于 2024-7-13 22:03
不好意思，想继续询问一下：
我的Gaussian计算出S1 state的绝对能量为-2932.163055Hartree，基态优化得 ...

可能您刚入门不久，又或者课题组没人带你，文字描述和计算文件存在大量问题。

（1）您使用了基组6-31g，连极化函数都没有，因此这些计算都没有实际意义，无法用于正式发表，顶多用于预优化/粗优化，后续需采用合理的基组进行结构优化，最低可接受基组为6-31G(d)。
（2）有机体系使用泛函B3LYP却没有加色散校正，急需阅读《谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的》http://sobereva.com/557。由于基态计算加了色散校正，激发态计算也要加。
（3）上传的S1态结构优化文件没有计算完，文件结尾异常，无法讨论。
（4）你似乎没有区分垂直激发能与绝热激发能这两个概念，急需阅读《Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法》http://sobereva.com/314，尤其是其中2.2节。

作者
Author: 千面追风 时间: 2024-7-14 08:52

zjxitcc 发表于 2024-7-14 01:11
可能您刚入门不久，又或者课题组没人带你，文字描述和计算文件存在大量问题。

（1）您使用了基组6-31g ...

感谢纠正问题！
本人为高中生，现在在做计算化学的一些课题，但是没有系统性的学习知识点，导师提供的帮助也相对比较有限，对计算要点不太了解。
感谢答疑！

作者
Author: wxyhgk 时间: 2024-7-14 13:26
如果是高中生，我可以提供算力，手里有5950x和7k62以及清华的服务器，5950x可以给你用一下，算一些小分子会很快

作者
Author: 千面追风 时间: 2024-7-14 18:31

wxyhgk 发表于 2024-7-14 13:26
如果是高中生，我可以提供算力，手里有5950x和7k62以及清华的服务器，5950x可以给你用一下，算一些小分子会 ...

谢谢老师！请问我该怎么联系您呢？

作者
Author: wxyhgk 时间: 2024-7-14 19:06

千面追风发表于 2024-7-14 18:31
谢谢老师！请问我该怎么联系您呢？

留下邮箱

作者
Author: 千面追风 时间: 2024-7-14 20:30

wxyhgk 发表于 2024-7-14 19:06
留下邮箱

CanaanWangJiaNan@163.com
谢谢老师！

作者
Author: wxyhgk 时间: 2024-7-14 21:35

千面追风发表于 2024-7-14 20:30
谢谢老师！

等我布置好软件发你远程 ip

作者
Author: 千面追风 时间: 2024-7-14 22:01

wxyhgk 发表于 2024-7-14 19:06
留下邮箱

CanaanWangJiaNan@163.com
谢谢老师！几个小时前好像网卡了没发送成功

作者
Author: 千面追风 时间: 2024-7-14 22:03

wxyhgk 发表于 2024-7-14 21:35
等我布置好软件发你远程 ip

噢噢噢噢好的好的！

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