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标题: 表面活性剂胶束sds自组装模拟能顺利运行，但结果无法形成胶束是什么原因呢？ [打印本页]

作者
Author: yangqian 时间: 2024-7-13 15:07
标题: 表面活性剂胶束sds自组装模拟能顺利运行，但结果无法形成胶束是什么原因呢？
刚开始接触gromacs，最近我正在尝试带一个负电荷的60个表面活性剂sds分子在水中自组装模拟。我根据查阅文件用gromos54a7立场进行，在ATB上下载带一个负电荷 sds的全原子pdb和itp文件后利用gmx editconf -f sds.pdb -o sds.gro成功得到了gro文件，并且自己写了一个top文件。成功通过gmx insert-molecules添加60个sds分子在8nm3的盒子中，并通过gmx solvate添加了spce水模型。后续顺利进行了电荷中和、em、nvt、npt和mdrun 100ns。但是结果不尽人意，跑出来的结果总是几个小型无规则聚集体而无法聚集成一整个胶束。我目前能分析的原因可能是mdp文件参数设定的问题，以下是我em、nvt、npt、md的mdp文件内容和模拟100ns后的图，请教一下各位老师，参数应该如何修改？非常感谢！！！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-13 19:13
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