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标题: DFT扫描了二面角如何拟合得到GROMACS中使用的二面角参数 [打印本页]

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2024-7-19 16:24
标题: DFT扫描了二面角如何拟合得到GROMACS中使用的二面角参数
如题。
各位前辈好！
我这里有一个分子（图1），其中的X-Si-C-X二面角没有，准备通过DFT扫描的方法得到可以用于GROMACS模拟中的参数。
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（图1）

通过DFT扫描，得到了Si-C键旋转360度的势垒（图2+图3），
其中（图2）是SCF能量转换为kJ/mol后的原始数据，（图3）是以最低点为0，平移后的能量。

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（图2）

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（图3）

现在就是需要根据这些数据来拟合得到可以用于GROMACS中的二面角参数

（包括 X Si C X 9 phase (Deg.) kd (kJ/mol) pn ）中的phase (Deg.) kd (kJ/mol) 以及pn三个参数。

1. phase (Deg.) 相位角

2. kd (kJ/mol) 力常数

3. pn 周期数

通过编脚本自动化处理得到了这三个值：
               K1 = 6.9972 kJ/mol
               delta1 = 105.8373 degrees

               K2 = 0.8367 kJ/mol
               delta2 = 175.5926 degrees

               K3 = 2.5788 kJ/mol
               delta3 = −65.7083 degrees

               ; name_i name_j name_k name_l funct. phase (Deg.) kd (kJ/mol)
               X    SI    C    X    9    105.8373 6.9972    1
               X    SI    C    X    9    175.5926 0.8367    2
               X    SI    C    X    9    −65.7083 2.5788    3

我现在的问题是有以下几点没搞清楚：、
1. 直接将这个数据放到力场文件中的二面角部分么？
2. 数值上对比二面角（X C C X    9 0.000 0.65084 3    ）为什么差别这么大？X-C-C-X二面角的周期性为3，而X-Si-C-X二面角的周期性既有1也有2也有3？
3. 上述直接根据DFT扫描结果得到的二面角流程上是否有问题？

作者
Author: yaoyuan0711 时间: 2024-7-23 11:41
http://sobereva.com/soft/Sobtop/

作者
Author: 社会主义小战士 时间: 2024-7-23 13:23

yaoyuan0711 发表于 2024-7-23 11:41
http://sobereva.com/soft/Sobtop/

有缺失的二面角参数（X-Si-C-X）。

作者
Author: 2421886719 时间: 2025-6-9 22:20
老师您好，请问您是用什么脚本拟合的二面角参数呀，方便教教我嘛

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