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标题: 关于蛋白配体复合物体系的RMSD平衡问题 [打印本页]

作者
Author: 12313 时间: 2024-7-20 17:46
标题: 关于蛋白配体复合物体系的RMSD平衡问题
本帖最后由 12313 于 2024-7-20 17:48 编辑

各位老师好，我的体系是蛋白配体复合物，我之前对其进行了50ns的模拟分析，骨架RMSD曲线如图所示，可以明显观察到在20ns后达到平衡。之后我又进行了50ns的续跑，得到了100ns的模拟轨迹，其骨架RMSD如图2，发现在50ns之后RMSD并不稳定，那么我的问题是，如果我要对该复合物进行100ns的模拟分析，那么图1中20-50ns的平衡部分我是不是就不能再进行分析了？
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图1

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图2

作者
Author: fhh2626 时间: 2024-7-20 21:06
你这个再跑跑吧，时间太短了，不过RMSD的绝对值倒是也不大，可能初始结构就还行

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