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标题: 求助gromacs模拟细胞膜的相变过程遇到问题 [打印本页]

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Author: 肥力丝 时间: 2024-7-21 09:15
标题: 求助gromacs模拟细胞膜的相变过程遇到问题
请问各位老师，我在模拟细胞膜从凝胶态转变为液晶态的过程，模拟的是DSPC脂质分子，使用的是cgenff生成的文件以及charmm-36-2021力场，然后使用packmol组转成一张膜。因为惩罚值很低，所以没有再计算电荷，直接用cgenff生成得到文件。但是模拟的相变温度结果和实验结果差了20度（350K下膜仍呈凝胶态，实验结果为328K下膜变为液晶态），请问各位老师是我的力场选择错误吗？还是某些参数错误会导致这个问题（我的模拟流程是20nsNVT-10nsBerendsen-20nsPR然后是MD生产），谢谢各位老师！诚盼各位老师的回复。

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Author: student0618 时间: 2024-7-21 09:49
CHARMM自己有lipid forcefield，有DSPC的。

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Author: 肥力丝 时间: 2024-7-21 10:21

student0618 发表于 2024-7-21 09:49
CHARMM自己有lipid forcefield，有DSPC的。

请问老师CHARMM自己有lipid forcefield，有DSPC是什么意思，这个力场是什么名字呢？并且我还要模拟其他脂质，所以先选了charmm-36

作者
Author: student0618 时间: 2024-7-21 11:56
本帖最后由 student0618 于 2024-7-21 16:06 编辑

就是CHARMM36自带的lipid力場，内有多种脂质的参数。
可查看一下下载的力场文件的lipid.rtp，我刚打开看charmm36 jul2021 和jul2022 的版本都有dspc哦。
(抱歉先前手机输入自动删掉了36)

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Author: 肥力丝 时间: 2024-7-21 15:43

student0618 发表于 2024-7-21 11:56
就是CHARMM36自带的lipid力場，内有多种脂质的参数。
可查看一下下载的力场文件的lipid.itp，我刚打开看c ...

谢谢老师的回复！也就是说我用的charmm36-2021-jul模拟DSPC应该没有问题吗？请问老师我的模拟相变温度结果和实验结果差了很大(20度)，还可能是什么原因导致的？模拟都可以进行下去也没有报错，目前不知道还可以从哪里出发解决这个问题。

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Author: student0618 时间: 2024-7-21 16:08
本帖最后由 student0618 于 2024-7-21 16:10 编辑

一楼写dspc用 cgenff？别用cgenff，改用力场自带的lipid forcefield。
还是你cgenff是其他分子？

作者
Author: 肥力丝 时间: 2024-7-21 17:05
本帖最后由肥力丝于 2024-7-21 17:07 编辑

student0618 发表于 2024-7-21 16:08
一楼写dspc用 cgenff？别用cgenff，改用力场自带的lipid forcefield。
还是你cgenff是其他分子？

我是用CGenFF生成的一个DSPC分子的结构，然后用代码和charm3力场文件生成的文件，再组装成一张膜。请问老师不能这样做吗？

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