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标题: 离子穿越碳纳米管PMF曲线计算求教 [打印本页]

作者
Author: FrancisCho 时间: 2024-7-21 10:37
标题: 离子穿越碳纳米管PMF曲线计算求教
本帖最后由 FrancisCho 于 2024-7-22 20:27 编辑

根据GMX官网教程http://www.mdtutorials.com/gmx/umbrella/index.html中提供的代码（SMD+US）修改后应用到自己研究的体系（钠/氯离子穿越碳纳米管），计算所得PMF曲线与文献中的结果差异较大：
我在GMX中使用的模型如图2所示，其中碳纳米管质心位置为坐标原点，碳纳米管长度为3nm，在PMF曲线坐标轴上的±1.5nm处为碳纳米管的两端。
目前的问题：
1、期望使用LAMMPS/GMX配合SMD+US计算PMF曲线，也可以使用GMX/LAMMPS+PLUMED/COLVARS计算PMF曲线（之前已阅读付博士的帖子，并修改代码应用到自己的体系中，但计算结果仍与文献中有较大差异）如图三所示；
2、在SMD+US方法计算的PMF曲线中，在碳纳米管外的水分子中的自由能为何异常的高？有时能在（-1.5，1.5）中看到上升的趋势，但是被两端外的异常高曲线所遮盖下去；
3、使用的SMD+US的gmx代码、plumed.dat与colvars.in代码也一并附上，望各位老师批评指正（在论坛上搜索了不少有关GMX计算PMF曲线的代码，除了力常数外大体上一致）。

作者
Author: FrancisCho 时间: 2024-7-22 10:32
我在考虑是否是因为两端水分子数量不足导致的

作者
Author: FrancisCho 时间: 2024-7-22 20:29
以及有关碳纳米管内的PMF能量应该比碳纳米管外高还是低？

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