各位老师好，通过MSD计算扩散系数时候有几个点不太明白，假设系统模拟10ns，2ns时平衡
1.手册中gmx msd computes the mean square displacement (MSD) of atoms from a set of initial positions的initial positions是指每次trestart后处在reference points时的原子位置吗？
2.输入gmx msd命令后出现Specify any number of selections for option 'sel' (Selections to compute MSDs for from the reference)，这里应该选择系统平衡时（2ns）的索引组吧？如果是那为什么MSD曲线还是10ns？按照《GROMACS计算MSD的原理是什么？ http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 13982&fromuid=56986》 ，MSD曲线不应该是8ns吗？