计算化学公社
标题:
gromacs gmx hbond如何计算多条分子链之间的氢键
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作者Author:
Sunca
时间:
2024-7-21 18:53
标题:
gromacs gmx hbond如何计算多条分子链之间的氢键
我的模拟体系有10条多糖链,我想计算链聚集过程中的链间氢键数量变化,我一开始之间把所有链归为一个group然后gmx hbond计算时选择两次该group,结果计算出来的氢键我发现包含了糖链分子内氢键,如果每条链都定义一个group,那两两链之间我得一共计算45次然后把结果相加,这太麻烦了。
我想知道有没有简捷的办法?编写一个脚本来算?但是我不会写脚本
,求大佬帮忙、指教。
作者Author:
Seyilaxa
时间:
2024-7-21 23:39
实在不想写脚本,可以把所有的氢键算上,然后算十次每条链内的氢键再相减
把十条链分好组后写个.sh脚本也很快
作者Author:
sobereva
时间:
2024-7-26 06:04
正经做动力学模拟的人不会写shell脚本根本寸步难行,早学早受益,不会shell脚本跟原始人无异。参考下文了解shell脚本编写常识
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612
(
http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html
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