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标题: 求助：gmx density如何得到关于时间的函数 [打印本页]

作者
Author: Caril 时间: 2024-7-22 11:16
标题: 求助：gmx density如何得到关于时间的函数
在查阅文献时，看到一个关于数密度的图，想学习一下是如何得到数据的。
我用gmx density -dens number 指令，得到的数据只有平均坐标和数密度，该如何绘制出和时间相关的图呢？
# Command line:
# gmx density -f npt_30ns.trr -s npt_30ns.tpr -d z -dens num -sl 40 -b 0 -e 3000 -o 1.xvg
# gmx density is part of G R O M A C S:
#
# GRowing Old MAkes el Chrono Sweat
#
@ title "Partial density"
@ xaxis  label "Average coordinate (nm)"
@ yaxis  label "Number density (nm\S-3\N)"
@TYPE xy
@ view 0.15, 0.15, 0.75, 0.85
@ legend on
@ legend box on
@ legend loctype view
@ legend 0.78, 0.8
@ legend length 2
@ s0 legend "ch4"
0.255167       1.93843
0.765501       4.25476
   1.27584       3.01063
   1.78617       5.08581
   2.2965       5.51407
   2.80684       4.64812
   3.31717       5.53088

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-26 05:39
写个shell脚本，调用特定命令依次循环处理不同时间区段（例如gmx的轨迹处理相关命令用-b、-e指定时间范围），提取结果并作图
如果没shell脚本编写常识，参考下文
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612（http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html）

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