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标题: 虐心的avogadro2 安装 (ubuntu版) [打印本页]

作者
Author: heroooo 时间: 2016-12-18 18:22
标题: 虐心的avogadro2 安装 (ubuntu版)
最近学习Orca, 想着如果能像gview一样显示OPT任务中,中间分子变化过程就好了. 于是折腾安装avogadro2.

如果是1.1.1版本,直接 sudo apt-get install avogadro就安装好了,很简单.

但是2.0版(其实是1.90版)在ubuntu上安装非常麻烦,因为依存关系很多, 需要cmake, qt5, eigen, openbabel. 主要安装过程如下

1. Cmake
首先查下有没有, which cmake. 没有就用sudo apt-get install安装就行.

2. QT5
安装方式如下:
sudo apt-get install qt5-default qttools5-dev-tools
网上也有个叫QT的软件开发工具,不知道是不是同一个东西, 需要注册下载安装. 直接用上面的最保险.

3. Eigen2 (Eigen3没有测试过)
按照Eigen2下载文件里的install文本文件指导安装. 例如解压后放在home目录下,重命名为eigen2. 然后在home目录下执行下面的命令:

mkdir eigen2-build

cd eigen2-build

cmake ../eigen2

make

sudo make install

3. Openbabel 2.4.1
按照下载文件里指导文本安装. 类似上面的安装方式.

4. Avogadro2 的安装
比较让人郁闷的是, 网上的avogadro2的下载连接, 其实是1.2版的. 下面有window和mac版的, app版就是源文件. 找了好久版本都有问题, 后来索性从openchemistry下载, 参考下面的安装连接.
http://wiki.openchemistry.org/Build

首先就是备份原文件.

git clone --recursive git://github.com/OpenChemistry/openchemistry.git

后面的编译按照连接操作如下.
mkdir openchemistry-build cd openchemistry-build cmake ../openchemistry make -j5
第一个cmake时,出现如下错误

跟libxml2库有关, 把相应的库装上

sudo apt-get install libc6-dev libssl-dev dpkg-dev debhelper fakeroot libxml2-dev libxslt1-dev

在第二个make -j5时又报错

这个错误莫明其妙, 然后网上找到一个解决:

ls -l /usr/bin/ld

sudo apt-get install binutils-gold

update-alternatives --install "/usr/bin/ld" "ld" "/usr/bin/ld.gold" 20

update-alternatives --install "/usr/bin/ld" "ld" "/usr/bin/ld.bfd" 10

然后就可以在gold和GNU间切换了, 没弄明白.
update-alternatives --config ld

但是接着编译就通过了,无语

执行命令如下, 当然可以用alias让输入变简洁一些.

./openchemistry-build/prefix/bin/avogadro2

5. 小结

Avogadro2的安装比较麻烦, 找对安装文件, 各种依存关系, 编译时可能还会出现各种问题. 对于不同的机子和系统,可能还有其他报错.

其实没必要较劲在LINUX中安装, 直接下载个Windows版好了

支持文件格式明显变多了. 对于orca是*.orca文件, 还没弄清楚这是怎么得到的. 然后原子的图形界面显示十分锐利. 其他功能还没试.

作者
Author: sobereva 时间: 2016-12-18 18:35
要显示opt过程结构变化不需要avogadro这么恶心的程序。直接把.trj改名为.xyz，拖进VMD观看优化轨迹就完了

作者
Author: heroooo 时间: 2016-12-18 18:49

sobereva 发表于 2016-12-18 18:35
要显示opt过程结构变化不需要avogadro这么恶心的程序。直接把.trj改名为.xyz，拖进VMD观看优化轨迹就完了

多谢! 早知道就不折腾去安装它了

作者
Author: plus 时间: 2016-12-18 23:06
molden xxx.trj

作者
Author: 紫丹渡津 时间: 2016-12-19 18:06
我用的是linux 16.10, 用avogadro 1.2.0 源码生成的deb, 更新了一些库文件，现在用起来没问题。
链接在这里：链接: https://pan.baidu.com/s/1slRJ0eT 密码: t7bt

作者
Author: liaibo 时间: 2017-12-24 03:07
跟着lz学着，成功装上，感谢！

作者
Author: pika02 时间: 2020-3-21 00:16

紫丹渡津发表于 2016-12-19 18:06
我用的是linux 16.10, 用avogadro 1.2.0 源码生成的deb, 更新了一些库文件，现在用起来没问题。
链接在这 ...

你好，链接已失效，请问能重新分享一下吗？谢谢！

作者
Author: neocc 时间: 2022-3-7 11:06
同求avgadro1.2版，有ubuntu20.04的就更好了

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