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标题: 小分子与细菌膜模拟力场的选择 [打印本页]

作者
Author: zhangs 时间: 2024-7-23 19:56
标题: 小分子与细菌膜模拟力场的选择
请教下各位老师，我在使用GROMACS模拟小分子与细菌膜作用时，细菌膜跟着sob老师课件里面的选择了GROMOS53a6力场，那小分子我应该采用什么力场产生top文件？我尝试过用sobtop产生top文件，但是好像GAFF与 GROMOS好像并不兼容。

作者
Author: c00jsw00 时间: 2024-7-24 01:46
使用https://www.charmm-gui.org/ 應該比較適合?

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-24 05:03
sobtop产生小分子的基于GAFF的拓扑文件，细胞膜用和AMBER兼容的磷脂力场，诸如Slipids、lipid，这是极其理想的选择

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