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标题: 羟基化反应的过渡态初猜结构如何构建 [打印本页]

作者
Author: 751960653 时间: 2024-7-24 10:04
标题: 羟基化反应的过渡态初猜结构如何构建
本帖最后由 751960653 于 2024-7-24 10:04 编辑

大家好，研究一个化合物在土壤降解过程中的羟基化(分两步：羟基自由基带走底物上的一个氢从而形成底物自由基，底物自由基再与羟基自由基反应生成羟基化产物)。
现在是第一步，我按照自己的理解构建了很多个初猜结构，使用#p opt=(calcfc,ts,noeigen) freq b3lyp/6-31g(d) scrf em=gd3bj int=fine（也使用过recalc=3），计算了很多次，可以看到形成水分子，能量很快下降，但是水不会停下来，往更远的地方跑了，导致RMS internal displacement指标常常难收敛，或者顺利收敛了但是虚频的振动方向不对（水已经跑到挺远的地方了）。
附件是gjf文件，请大家帮忙指导下这个初猜结构应怎么构建？或者压根就不是我设想的这个机理，有其它的羟基化机理？

作者
Author: dnlx 时间: 2024-7-24 10:24
第一个羟基直接往双键上加成就是个无垒反应吧，用不着先抽氢。

作者
Author: 751960653 时间: 2024-7-24 11:10

dnlx 发表于 2024-7-24 10:24
第一个羟基直接往双键上加成就是个无垒反应吧，用不着先抽氢。

您好，碳上面已经有两个氢，氮上面也有一个氢，已经饱和了，应该没法再直接加成了吧？

作者
Author: wxyhgk 时间: 2024-7-25 08:37
"羟基自由基带走底物上的一个氢从而形成底物自由基"

带走 CH2 上的 H ？还是什么？

如果是 CH2 的 H ，应该还有什么其他步骤吧，催化剂什么的

作者
Author: 751960653 时间: 2024-7-25 09:52

wxyhgk 发表于 2024-7-25 08:37
"羟基自由基带走底物上的一个氢从而形成底物自由基"

带走 CH2 上的 H ？还是什么？

带走CH2上的H。
催化剂问题：土壤中可能会有酶的催化。
这个降解实验是在土壤中进行的，然后利用质谱检测。这个羟基化后的产物结构是根据质谱数据推测出来的。现在想利用计算结果证明我们推测的这个结构的合理性。
原贴中描述的两步反应过程有文献报道，文献是有“光照”。

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