标题: 求助统计特定距离内分子数目随模拟时间的变化的脚本 [打印本页] 作者Author: punch 时间: 2024-7-24 10:32 标题: 求助统计特定距离内分子数目随模拟时间的变化的脚本 老师好，我想用VMD统计一下石墨烯（MOL）周围5.0埃内污染物（H）的数目随模拟时间的变化，写了一个脚本，但结果不太对。这个脚本输出结果和帧数不一致，而且我一共就50个污染物分子，结果都输出八百多这个数据。脚本如下：
set numFrame [molinfo top get numframes]
set out [open ry.txt w ]
for {set i 0} {$i < $numFrame} {incr i} {
set hnumber [atomselect top "same resid as (resname H and within 5.0 of resname MOL)"]
$hnumber frame $i
$hnumber update
set a [$hnumber num]
puts $out $a
}
close $out