计算化学公社

标题: gromacs在gmx mdrun时segmentation fault的一种解决方案分享 [打印本页]

作者
Author: Sunca 时间: 2024-7-24 22:23
标题: gromacs在gmx mdrun时segmentation fault的一种解决方案分享
我的情况如下：在14.5nm*5nm*5nm的体系模拟没有问题，体系增大到28nm*8nm*8nm后大概跑1-20ns（0.001fs步长）就会遇到segmentation fault，在尝试过修改mdp参数，更换建模方式，更换力场后均未解决。后来学校开通了超算中心，我在超算上尝试模拟没有出现报错，而超算中心规定每个gpu最多16个cpu核心，每个核心4G内存。所以超算上模拟时我用的是1gpu+16cpu核心+64g内存，而我的电脑是1gpu+32cpu核心+64g内存，然后我在自己电脑上用-ntmpi 1 -ntomp 16只调用16个cpu核心进行模拟也没有报错。
我觉得可能是我的内存不够导致的segmentation fault？因此，如果有人情况跟我类似可以尝试减少cpu核心数或者增加内存试试。
最后吐槽下这个segmentation fault报错，导致的原因很多，而输出的报错信息却很少，我当时是只有segmentation fault，别的什么信息都没有，导致很难排查出错的原因

作者
Author: Qizhi 时间: 2025-2-26 13:02
本帖最后由 Qizhi 于 2025-2-26 13:07 编辑

您好，请问您是如何设置cpu和使用内存的？

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)