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标题: 求助：添加周期性边界条件计算，在盒子边界处水分子分布出现异常 [打印本页]

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Author: abing 时间: 2024-7-25 16:32
标题: 求助：添加周期性边界条件计算，在盒子边界处水分子分布出现异常
请教各位老师，我在使用NAMD添加周期性边界条件研究计算带电表面附近水分子的分布情况。但统计水分子的轴向浓度分布发现，在盒子边界处水分子浓度分布出现异常，出现一种较为缓慢下降。按照周期性边界条件的物理意义，水分子分布应该在体系中是均匀的才对，请问各位老师知道产生这个现象的原因嘛。
分别在VMD中取了两个区域的水分子数进行对比，出现了明显的区别。但这种现象在离子分布中并未出现。
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