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标题: Gromacs 2016.1 及相关软件在centos7下的编译安装（升级到懒人版） [打印本页]

作者
Author: ggdh 时间: 2016-12-19 21:23
标题: Gromacs 2016.1 及相关软件在centos7下的编译安装（升级到懒人版）
本帖最后由 ggdh 于 2017-1-19 08:17 编辑

gromacs培训班即将开始，分享一下个人编译成功的经验。供各位linux小白参考。以及改成懒人版：
文中需要用户输入的命令用绿色表示。
由于是懒人版，只要复制粘贴绿色的文件的就行。
计算机反馈的信息用蓝色表示。
用户需要根据自己情况更改的信息用红色表示。
编译背景：CentOS7 64bit, Intel E5-2699 V4。
本次编译需要root 权限。在centos7下完成，需要计算机能够联网。支持openmpi-2.0.1并行，cuda8.0加速
编译过程和http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=43l类似。可以相互参考。

0.确定所有的安装包都在
cd ~
ls
能够看到下面的安装包，如果你的安装包名和这个不同，注意后面相应的命令中的文件名也要改。
AmberTools16.tar.bz2
Anaconda2-4.2.0-Linux-x86_64.sh
chimera-1.11.2-linux_x86_64.bin
GaussView 5.0.9-x64_linux.zip
gromacs-2016.1.tar.gz
Multiwfn_3.3.9_bin_Linux.zip
packmol-16.344.tar.gz
pymol-v1.8.4.0.tar.bz2
vmd-1.9.3.bin.LINUXAMD64-CUDA8-OptiX4-OSPRay111p1.opengl.tar.gz
grace-5.1.25.tar.gz
首次开机系统可能有自动更新，先去掉yum 锁
sudo rm -f /var/run/yum.pid

1.确定gcc 版本，编译2016最小需要gcc4.6版本。
yum group list #显示可用的组工具
sudo yum group install "Development Tools"
gcc --version
显示：gcc (GCC) 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-4)

2.cmak版本需要2.8.8以上。
cmake --version显示：cmake version 2.8.12.2
如果版本不够，或者没有cmake，输入
sudo yum install cmake #安装。

3.安装openmpi（如果只打算单机并行则跳过这步）
在此下载openmpi2.0.1
https://www.open-mpi.org/softwar ... enmpi-2.0.1.tar.bz2
cd到openmpi-2.0.1.tar.bz2所在目录
依次输入

tar -jxvf openmpi-2.0.1.tar.bz2

cd openmpi-2.0.1

./configure --prefix ~/openmpi201-gcc

make –j 4 4为所用核数。根据实际cpu核数修改。

make install

~/openmpi201-gcc为openmpi安装目录.

4.安装cuda（如果不打算gpu加速跳过这步）

在此下载cuda8.0

https://developer.nvidia.com/cuda-downloads

然后cd到下载文件所在目录运行

sudo sh cuda_8.0.44_linux-run

5.编译以及测试gromacs

下载gromacs-2016.1.tar.gz文件

http://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-2016.1.tar.gz

编辑~/.bashrc文件

echo 'export PATH=~/openmpi201-gcc/bin:$PATH' >> ~/.bashrc

echo 'export LD_LIBRARY_PATH=~/openmpi201-gcc/lib:$LD_LIBRARY_PATH' >> ~/.bashrc

echo 'export PATH=/usr/local/cuda-8.0/bin:$PATH' >> ~/.bashrc

echo 'export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda-8.0/lib64:$LD_LIBRARY_PATH' >> ~/.bashrc

source ~/.bashrc #加载环境变量

cd到下载文件所在目录, 解压缩：

cd ~

tar -zxvf gromacs-2016.1.tar.gz

cd gromacs-2016.1

mkdir build

cd build

下面三个cmake根据自己情况选一个。

cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=~/gromacs2016 -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON #非openmpi并行版本选择这一行

cmake .. -DGMX_MPI=on -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=~/gromacs2016 -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON #非cuda版本选择这一行

cmake .. -DGMX_MPI=on -DGMX_GPU=on -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=~/gromacs2016 -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-8.0 -DGPU_DEPLOYMENT_KIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-8.0 -DNVML_INCLUDE_DIR=/usr/local/cuda-8.0/include -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=on #有cuda加速和openmpi并行

说明：

-DGMX_MPI 支持openmpi（不需要跨节点并行的可以不装）

-DGMX_GPU 支持gpu加速（没有显卡，没有安装cuda的不要这项）

-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=~/gromacs2016 设定gromacs安装目录

-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON 让gromacs编译的时候自行下载编译fftw库（没有网络的去掉这项）

-DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-8.0

-DGPU_DEPLOYMENT_KIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-8.0

-DNVML_INCLUDE_DIR=/usr/local/cuda-8.0/include 这三个设定cude的安装位置（没有安装cuda的不需要这三项）。

-DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=on 下载gromacs测试包（网速慢的可以不要这项）

cmake完成后往上拖看看信息，检查一下有没有错误或者警告，如果没有运行

sed -i 's/avx512/avx256/g' ./src/contrib/fftw/CMakeFiles/fftwBuild.dir/build.make

这步在文件中查找--enable-avx512 关键词，如果有这个关键词改成--enable-avx256，这是因为gcc 4.8.5不支持--enable-avx512选项，如果强行编译会报错。

继续输入：

make -j 4

开始编译

如果编程成功，最后会显示

Linking CXX executable ../../bin/gmx_mpi

[100%] Built target gmx

Linking CXX executable ../../bin/template

[100%] Built target template

如果之前编译的时候有加有-DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=on选项，这一步可用测试

make check

开始测试，过一会会显示

100% tests passed, 0 tests failed out of 27

Label Time Summary:

GTest = 5.10 sec

IntegrationTest = 42.49 sec

MpiIntegrationTest = 25.39 sec

UnitTest = 5.10 sec

Total Test time (real) = 1004.70 sec

表示27项测试全部通过。

最后输入

make install

进行安装，然后修改环境变量。

echo 'source ~/gromacs2016/bin/GMXRC' >> ~/.bashrc

source ~/.bashrc

6. 安装Multiwfn

sudo yum install motif-devel.x86_64

unzip Multiwfn_3.3.9_bin_Linux.zip

cd Multiwfn

chmod +x Multiwfn

echo 'export PATH=$PATH:~/Multiwfn_3.3.9_bin_Linux' >> ~/.bashrc

7. 安装anaconda（python 环境）
cd ~
sh Anaconda2-4.2.0-Linux-x86_64.sh
source ~/.bashrc
之后一路按回车，输入yes即可

8. 安装amberTools （antechamber）
cd ~
sudo yum install bzip2-devel.x86_64 zlib_devel.x86_64 #不装这两个包，中间会出错，但也没什么大问题。
echo 'export AMBERHOME=~/amber16' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
cd ~
tar -jxvf AmberTools16.tar.bz2
cd amber16
./configure -noX11 gnu #如果网速快，这时候可能会让你打补丁，按y打上补丁即可，如果没有出现打补丁也没有关系，有可能因为网速不佳出现timeout。patching error，这时候重新输入这个命令多试几次
echo 'source ~/amber16/amber.sh' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
make -j 4 #这里等半天
make install
测试, 输入
antechamber
出来一堆选项，最后一行：
Use 'antechamber -L' to list the supported file formats and charge methods
表明安装成功

9. packmol的安装
Use 'antechamber -L' to list the supported file formats and charge methods
cd ~
tar -zxvf packmol-16.344.tar.gz
cd packmol-16.344
./configure
make
echo 'export PATH=$PATH:~/packmol-16.344' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

测试，输入
packmol
出来一段信息，最后一行是
Reading input file... (Control-C aborts)
表明安装成功，
按ctrl+c继续

10.GaussView 的安装
cd ~
unzip GaussView\ 5.0.9-x64_linux.zip
cd GaussView\ 5.0.9-x64_linux/
tar -zxvf gv5.0.9-x86_64.tar.gz
mv gv ../
echo 'export GV_DIR=~/gv' >> ~/.bashrc
echo 'alias gv=$GV_DIR/gview' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
测试，输入
gv
如果出现熟悉的gaussview的图形界面，说明安装成功

11.vmd的安装
cd ~
tar -xvf vmd-1.9.3.bin.LINUXAMD64-CUDA8-OptiX4-OSPRay111p1.opengl.tar.gz
cd vmd-1.9.3
./configure
cd src
sudo make install
测试，输入
vmd
出现了熟悉的vmd界面，说明安装成功p

12.chimera的安装（可选）
cd ~
chmod +x ./chimera-1.11.2-linux_x86_64.bin
sudo ./chimera-1.11.2-linux_x86_64.bin #一路回车，中间有个地方有个选择，选 /usr/bin 即可
测试，输入
chimera
出现了Chimera的图形界面，说明安装成功。

13. pymol的安装（可选）
sudo yum install freeglut.x86_64 freeglut-devel.x86_64 glew-devel.x86_64
cd ~
tar -jxvf pymol-v1.8.4.0.tar.bz2
cd pymol
python setup.py build install --home=~/pymol/bin
echo 'export PATH=$PATH:~/pymol/bin' >> ~/.bashrc

14.xmgrace 安装
cd ~
tar -zxvf grace-5.1.25.tar.gz
cd grace-5.1.25
./configure
sudo make install
echo 'export PATH=$PATH:/usr/local/grace/bin' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

作者
Author: sobereva 时间: 2016-12-20 02:06
文中有一些命令中的空格被吞了，比如vim和export后面

作者
Author: byymem 时间: 2016-12-20 11:57
你好，请问怎么安装较新的gcc呢，版本太低，使用sudo yum install gcc，显示：
Loading mirror speeds from cached hostfile
* base: mirrors.aliyun.com
* extras: mirrors.aliyun.com
* updates: mirrors.aliyun.com
base                                                    | 3.7 kB    00:00
extras                                                 | 3.4 kB    00:00
updates                                                 | 3.4 kB    00:00
包 gcc-4.4.7-17.el6.x86_64 已安装并且是最新版本
谢谢

作者
Author: ggdh 时间: 2016-12-21 00:02

byymem 发表于 2016-12-20 11:57
你好，请问怎么安装较新的gcc呢，版本太低，使用sudo yum install gcc，显示：
Loading mirror speeds fro ...

装gcc很麻烦。一般新的系统gcc版本也会高。
如果不是集群，建议重装系统。
如果是集群。可以尝试用从头编译的方法装个个人版本的gcc，而不是妄图升级系统的gcc。会有太多包依赖的问题了。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-12-21 02:38

byymem 发表于 2016-12-20 11:57
你好，请问怎么安装较新的gcc呢，版本太低，使用sudo yum install gcc，显示：
Loading mirror speeds fro ...

提升gcc版本是非常费劲的事，不建议折腾，没法装新版本系统索性装老一点版本的GROMACS。GROMACS更新很快，对编译器版本要求也在不断提升。

作者
Author: byymem 时间: 2016-12-21 08:41

ggdh 发表于 2016-12-21 00:02
装gcc很麻烦。一般新的系统gcc版本也会高。
如果不是集群，建议重装系统。
如果是集群。可以尝试用从头 ...

好的，难怪呢，刚接触linux也不太懂，尝试在网上找较新版本的gcc，装时总出错。谢谢你

作者
Author: byymem 时间: 2016-12-21 08:44

sobereva 发表于 2016-12-21 02:38
提升gcc版本是非常费劲的事，不建议折腾，没法装新版本系统索性装老一点版本的GROMACS。GROMACS更新很 ...

好的，sob老师，装5.1.x 版本了，嘿嘿，谢谢

作者
Author: ulosggs 时间: 2016-12-23 10:49

byymem 发表于 2016-12-20 11:57
你好，请问怎么安装较新的gcc呢，版本太低，使用sudo yum install gcc，显示：
Loading mirror speeds fro ...

安装方法我写在这里了

http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4775

作者
Author: byymem 时间: 2016-12-23 11:09

ulosggs 发表于 2016-12-23 10:49
安装方法我写在这里了

http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4775

非常感谢

，太厉害啦

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)