计算化学公社

标题: 进行蛋白配体复合物的分子动力学模拟之前，如何选择配体小分子进行处理？ [打印本页]

作者
Author: 12313 时间: 2024-7-26 13:03
标题: 进行蛋白配体复合物的分子动力学模拟之前，如何选择配体小分子进行处理？
本帖最后由 12313 于 2024-7-26 13:11 编辑

各位老师好，我的体系是蛋白配体复合物，配体为多肽小分子，我知道在处理小分子配体时，需要生成gro文件等，那么是选择根据多肽小分子的序列生成的pdb文件进行处理，还是根据分子对接的结果选择配体最优构象后，再从复合物中提取配体生成pdb文件？

作者
Author: student0618 时间: 2024-7-26 20:33
本帖最后由 student0618 于 2024-7-26 20:36 编辑

先說清楚你的目的是什么，目的不同选的方法也不同。是要MD模拟结合过程还是用docking results跑MD算binding energy? 要处理甚么，单是pdb转gro吗？

作者
Author: 12313 时间: 2024-7-26 21:03

student0618 发表于 2024-7-26 20:33
先說清楚你的目的是什么，目的不同选的方法也不同。是要MD模拟结合过程还是用docking results跑MD算bindin ...

不是模拟结合过程，目的是使用MD模拟评估复合物的稳定性

作者
Author: student0618 时间: 2024-7-27 15:00
如果判断docking结果作MD初始结构为合理就用他吧。

作者
Author: 12313 时间: 2024-7-27 15:21

student0618 发表于 2024-7-27 15:00
如果判断docking结果作MD初始结构为合理就用他吧。

您是指从复合物中提取配体后生成的pdb文件吗？

作者
Author: Amour123 时间: 2024-7-27 17:11

12313 发表于 2024-7-27 15:21
您是指从复合物中提取配体后生成的pdb文件吗？

请问是指直接使用初始结构的gro文件跑gromacs吗

作者
Author: student0618 时间: 2024-7-27 17:49

12313 发表于 2024-7-27 15:21
您是指从复合物中提取配体后生成的pdb文件吗？

说的「处理」是什么？
一楼的问题我理解是选哪作MD初始结构。还是我理解错了？

作者
Author: 12313 时间: 2024-7-27 17:52

Amour123 发表于 2024-7-27 17:11
请问是指直接使用初始结构的gro文件跑gromacs吗

是指配体初始结构吗？

作者
Author: 12313 时间: 2024-7-27 17:59

student0618 发表于 2024-7-27 17:49
说的「处理」是什么？
一楼的问题我理解是选哪作MD初始结构。还是我理解错了？

处理指的是将配体的pdb文件转为gro文件，使用ChemDraw可以根据多肽小分子的序列信息画出结构并保存为pdb格式，这是一种；还有一种是使用pymol根据对接结果导出复合物的pdb文件，再从中提取属于配体的部分。这两种方法我不知道哪一种是正确的？

作者
Author: student0618 时间: 2024-7-27 18:12
要用对接结果跑MD当然用对接结果吧，爲什么会用ChemDraw？

作者
Author: 12313 时间: 2024-7-27 18:21

student0618 发表于 2024-7-27 18:12
要用对接结果跑MD当然用对接结果吧，爲什么会用ChemDraw？

好的谢谢

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