计算化学公社

标题: 怎样画ESP的截面图 [打印本页]

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-7-26 16:10
标题: 怎样画ESP的截面图

希望在下面这个贴子的快速做静电势计算的基础上，加上绘制esp的截面图的功能，请问该怎么做？
http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html

附件是ESP截面图的期待的效果。Multiwfn能直接生成吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-26 22:44
用Multiwfn主功能4轻轻松松。看手册4.4节大把例子

例如碳纳米管截面的ESP图，轻轻松松画出来
(, 下载次数 Times of downloads: 38)

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-10-18 22:24
本帖最后由 Oliviaw 于 2024-10-18 22:27 编辑

sobereva 发表于 2024-7-26 22:44
用Multiwfn主功能4轻轻松松。看手册4.4节大把例子

例如碳纳米管截面的ESP图，轻轻松松画出来

您好，我试了功能4，用100*100 grid算不动，请问Multiwfn有没有其他设置能加快二维平面的ESP的计算？3D的ESP您提供了快速计算的贴子的，我用您贴子的方法算3D的ESP很快。
在2D的ESP计算的时候，我并不知道x, y, z轴的位置，在好不容易尝试出一个截面的计算后，很大可能不是我想要的结果。请问您一般在计算2D的ESP时候是怎么调整截面位置的？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-20 10:21

Oliviaw 发表于 2024-10-18 22:24
您好，我试了功能4，用100*100 grid算不动，请问Multiwfn有没有其他设置能加快二维平面的ESP的计算？3D的 ...

用个CPU像样的机子、确保所有核拿来Multiwfn做并行计算了，通常100*100格点绝对不会算不动。不提供体系的任何信息没法回答你

仔细看此文4.2节关于作图平面的选取
Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-10-23 19:23
本帖最后由 Oliviaw 于 2024-10-23 23:14 编辑

sobereva 发表于 2024-10-20 10:21
用个CPU像样的机子、确保所有核拿来Multiwfn做并行计算了，通常100*100格点绝对不会算不动。不提供体系的 ...

分子数319的体系，开了40核跑好一点点，也需要一个下午跑完。3D的esp那么快做不到，主要是我需要做完2d esp后才知道对应哪个位置。xy 平面， z=0的时候确实是刚好在dimer的一个monomer的中心横截面，但是我要调整z，查看另外一个monomer的横截面的时候，必须根据分子结构猜z值，具有不确定性，而且花的时间很多。

同时，想问下社长下面这个图片的3D的esp的着色怎么实现，是rainbow吗？但是VMD没有rainbow的color scale。我是希望2d和3d的esp着色方法和刻度一致。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-24 12:32

Oliviaw 发表于 2024-10-23 19:23
分子数319的体系，开了40核跑好一点点，也需要一个下午跑完。3D的esp那么快做不到，主要是我需要做完2d e ...

分清楚原子数和分子数
如果是319个原子，绘制静电势平面图绝对不会那么慢，除非没恰当并行，或者基组用得过大、大得没必要，或者用的是Multiwfn windows版，或者用的是老的慢版静电势计算代码
例如下面这个体系，400个原子，4840个GTF，用目前Multiwfn的最新版、默认设置，在双路7R32 96核机子上仅仅花了42秒就算完了100*100格点的静电势平面图。在计算方式得当的情况下，再怎么慢也绝对不可能一张图一下午才得到
(, 下载次数 Times of downloads: 1)
Multiwfn从头到尾完整的输出信息在这里供参考： (, 下载次数 Times of downloads: 1)

再比如此体系704原子，多达15760个GTF，上述计算条件下仅仅356秒就算完了100*100格点的体系截面（Z=6 Bohr的XY平面）的静电势图
(, 下载次数 Times of downloads: 1)

所以一下午才得到一张图绝对是使用不当。

VMD 1.9.4非正式版的色彩刻度丰富得多，但没有色彩刻度精确和Multiwfn里的rainbow相同的。

作者
Author: Oliviaw 时间: 2024-10-26 13:31
本帖最后由 Oliviaw 于 2024-10-26 13:32 编辑

sobereva 发表于 2024-10-24 12:32
分清楚原子数和分子数
如果是319个原子，绘制静电势平面图绝对不会那么慢，除非没恰当并行，或者基组用 ...

我在环境变量里把下面两个注释掉，同时把核数设为96，就快一点，2分钟跑了1%。总共280个原子，6800个basis functions。

#export OMP_NUM_THREADS=12
#export MKL_NUM_THREADS=12

上面两句是xtb部分添加的设置

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-27 00:00

Oliviaw 发表于 2024-10-26 13:31
我在环境变量里把下面两个注释掉，同时把核数设为96，就快一点，2分钟跑了1%。总共280个原子，6800个basi ...

没具体文件、在远程没法说。我只能告诉你你的速度绝对不正常

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