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标题: 结构优化中加入 Calc_Hess true，显示没虚频，但是计算频率后由虚频 [打印本页]

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Author: Sui1999 时间: 2024-7-26 17:21
标题: 结构优化中加入 Calc_Hess true，显示没虚频，但是计算频率后由虚频
各位老师好，我使用orca在做结构优化，在有一个小虚频，然后拿该结构在读取hession矩阵后继续优化，但是显示直接收敛了，最后的结构还是有虚频。
然后我就加了" Calc_Hess true"关键词优化，在hession计算完后是没有虚频的，但是最后计算的频率还是有虚频，这是为什么？
附件是orca的log文件 (, 下载次数 Times of downloads: 6)

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Author: wzkchem5 时间: 2024-7-26 18:17
calc_hess不是一个能保证消掉虚频的方法，建议用orca的自动消虚频的功能（https://www.faccts.de/docs/orca/ ... rative-optimization）

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Author: Sui1999 时间: 2024-7-26 21:05

wzkchem5 发表于 2024-7-26 18:17
calc_hess不是一个能保证消掉虚频的方法，建议用orca的自动消虚频的功能（https://www.faccts.de/docs/orca ...

老师你好，在运行之后报错信息是Error: Expected '=' or ':'. Instead found ".
[file orca_compound/compound_parser_match_assign.cpp, line 64]: Wrong syntax in the assignement of a variab

我只修改了method和myFilename，我的输入文件如下

%pal nprocs 32 end

%TDDFT
NRoots 5
IROOT 1
End

%Compound "iterativeOptimization"

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-7-26 21:24

Sui1999 发表于 2024-7-26 14:05
老师你好，在运行之后报错信息是Error: Expected '=' or ':'. Instead found ".
[file orca_compound/co ...

试试用https://github.com/ORCAQuantumCh ... iveOptimization.cmp这个脚本？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-7-26 21:35

Sui1999 发表于 2024-7-26 14:05
老师你好，在运行之后报错信息是Error: Expected '=' or ':'. Instead found ".
[file orca_compound/co ...

此外%tddft不能写在主输入文件里，不然应该是不认的。应该写到compound script的new_step和step_end中间

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Author: Sui1999 时间: 2024-7-27 10:17

wzkchem5 发表于 2024-7-26 21:24
试试用https://github.com/ORCAQuantumChemistry/CompoundScripts/blob/main/GeometryOptimization/itera ...

老师你好，我试了一下这个脚本，且inp和cmp中都没有加%tddft，还是出现一样的报错。然后我把myFilename中的名字改成和本地的xyz文件的名字不一样，还是这个报错，那是不是说明在这一行之前就有语法错误了，但是我检查不出来哪里有错误，请老师指教。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-7-27 15:00

Sui1999 发表于 2024-7-27 03:17
老师你好，我试了一下这个脚本，且inp和cmp中都没有加%tddft，还是出现一样的报错。然后我把myFilename中 ...

我们这边也正在排查。Compound Script从ORCA 5.0到6.0语法更改过，可能手册里的脚本没有及时更新，不符合最新版ORCA的语法

作者
Author: Sui1999 时间: 2024-7-27 15:46

wzkchem5 发表于 2024-7-27 15:00
我们这边也正在排查。Compound Script从ORCA 5.0到6.0语法更改过，可能手册里的脚本没有及时更新，不符合 ...

老师，你的意思是这个脚本是6.0的吗，我用的是5.0版本的

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-7-27 17:27

Sui1999 发表于 2024-7-27 08:46
老师，你的意思是这个脚本是6.0的吗，我用的是5.0版本的

5.0早期版本的compound script也有问题，后来更新了

作者
Author: Sui1999 时间: 2024-7-28 17:16

wzkchem5 发表于 2024-7-27 17:27
5.0早期版本的compound script也有问题，后来更新了

老师你好，可以分享一下5.0版本的cmp吗，我拿安装路径里的去试了一下，还是一样的报错。

作者
Author: Sui1999 时间: 2024-7-28 17:30

wzkchem5 发表于 2024-7-27 17:27
5.0早期版本的compound script也有问题，后来更新了

老师，找到原因了，应该是要把设置并行核数的部分也写到cmp文件里，目前在正常计算了。

作者
Author: Sui1999 时间: 2024-7-29 20:55

wzkchem5 发表于 2024-7-27 17:27
5.0早期版本的compound script也有问题，后来更新了

老师你好，我用5.0的脚本在new_step和step_end中间设置了32核并行，但是在计算数值频率时并没有同时计算32个频率，应该是没有并行，想请教老师如何正确并行。

作者
Author: Sui1999 时间: 2024-7-29 20:55
log文件已上传

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-7-29 21:12

Sui1999 发表于 2024-7-29 13:55
老师你好，我用5.0的脚本在new_step和step_end中间设置了32核并行，但是在计算数值频率时并没有同时计算3 ...

原则上%nprocs不应该写在cmp文件里的。可以再试一次如果写在外面能不能正常跑，如果确实不能跑且问题可重复，可以在orca论坛上报一下bug

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Author: Sui1999 时间: 2024-7-30 16:21
本帖最后由 Sui1999 于 2024-7-30 16:22 编辑

wzkchem5 发表于 2024-7-29 21:12
原则上%nprocs不应该写在cmp文件里的。可以再试一次如果写在外面能不能正常跑，如果确实不能跑且问题可重 ...

老师你好，%nprocs写在外面确实可以跑了，但是在第一次计算频率之后跑错了，报错信息为
“Something went wrong with reading a property from the property file r_Compound_1.
[file orca_compound/compound.cpp, line 1219]: Wrong syntax in the assignement of a variable”
请教一下老师这该如何解决

(, 下载次数 Times of downloads: 4)

(, 下载次数 Times of downloads: 6)

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-7-30 16:38

Sui1999 发表于 2024-7-30 09:21
老师你好，%nprocs写在外面确实可以跑了，但是在第一次计算频率之后跑错了，报错信息为
“Something wen ...

是不是上一次跑的临时文件没有删除

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Author: Sui1999 时间: 2024-7-31 17:15

wzkchem5 发表于 2024-7-30 16:38
是不是上一次跑的临时文件没有删除

老师你好，我发现如果是基态的，在算完频率之后可以进行job2，单手如果是激发态就出现这个报错，是因为激发态计算的是数值频率吗，想问一下老师该如何解决

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-7-31 17:32

Sui1999 发表于 2024-7-31 10:15
老师你好，我发现如果是基态的，在算完频率之后可以进行job2，单手如果是激发态就出现这个报错，是因为激 ...

确认了一下，iterative optimization脚本目前还不支持数值频率，但手册忘了写这一点了。我们会在手册里补充这一点。我们预计最晚在ORCA 6.1之前可以实现对需要数值频率的方法自动消虚频

作者
Author: Sui1999 时间: 2024-7-31 17:50

wzkchem5 发表于 2024-7-31 17:32
确认了一下，iterative optimization脚本目前还不支持数值频率，但手册忘了写这一点了。我们会在手册里补 ...

好的老师，那激发态还有消虚频的方法吗，试了很多方法了。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-7-31 19:21

Sui1999 发表于 2024-7-31 10:50
好的老师，那激发态还有消虚频的方法吗，试了很多方法了。

可以用手动往虚频方向扰动结构的方法来消。如果还是消不掉，那么虚频可能是数值精度问题引起的，例如格点不够大，SCF和TDDFT的收敛限不够严，等等

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Author: Sui1999 时间: 2024-7-31 19:59

wzkchem5 发表于 2024-7-31 19:21
可以用手动往虚频方向扰动结构的方法来消。如果还是消不掉，那么虚频可能是数值精度问题引起的，例如格点 ...

老师你好，请教一下tddft收敛限该怎么设置，没听说过。

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Author: wzkchem5 时间: 2024-7-31 20:23

Sui1999 发表于 2024-7-31 12:59
老师你好，请教一下tddft收敛限该怎么设置，没听说过。

用etol和rtol，参见https://www.faccts.de/docs/orca/ ... ml#general-features

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