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标题: 动力学模拟结果结构配体空间位置异常 [打印本页]

作者
Author: xiaoai 时间: 2024-7-26 20:07
标题: 动力学模拟结果结构配体空间位置异常
本帖最后由 xiaoai 于 2024-8-8 14:27 编辑

蛋白质ATP体系模拟，模拟后ATP位置发生变化，请问该如何修改去限制ATP位置

gmx editconf -f complex.gro -o complex_box.gro -d 0.8 -bt cubic

gmx solvate -cp complex_box.gro -o complex_SOL.gro -p topol.top

gmx grompp -f em.mdp -c complex_SOL.gro -p topol.top -o em.tpr -maxwarn 1

gmx genion -s em.tpr -p topol.top -o system.gro -neutral -pname NA -nname CL -conc 0.15

目前的参数命令 mdp参数文件在附件 (, 下载次数 Times of downloads: 25) (, 下载次数 Times of downloads: 22)

作者
Author: dzdhp 时间: 2024-7-27 09:40
你mdp文件里都加了define = -DPOSRES，配体还能飞这么远，说明你结合位点非常不可靠，配体不稳定当然要跑了。且加限制势约束位置，相当于人为施加外力，就无法考察蛋白跟配体是否结合稳定了，所以在平衡加可以，正式跑的时候不能用，另外上传一下top，信息不完整不好判断。

作者
Author: student0618 时间: 2024-7-27 14:54
有沒有在top定义限制配体位置的文件？

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