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标题: 求助，PLUMED做Metadynamic，自由能是否为整个体系的？ [打印本页]

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Author: Cloudince 时间: 2024-7-27 12:45
标题: 求助，PLUMED做Metadynamic，自由能是否为整个体系的？
Gromacs联用PLUMED，采用回火Metadynamic计算自由能，体系是两个团簇+溶剂+离子，希望计算得到两个团簇整体的自由能随团簇间距变化的数据。有以下问题想请教各位前辈，谢谢！
1.我设置的CV是两个团簇中离几何中心最近的两个原子之间的距离，请问计算得到的自由能是两个原子的还是整个体系的？

2.对于相同的体系，影响 CV从GRID_MIN推进到GRID_MAX所需模拟时间的因素有哪些？参数HEIGHT/SIGMA/BIASFACTOR是否影响模拟时间？

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