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标题: 借助WeMol网站进行GROMACS中蛋白与多肽分子动力学出现报错 [打印本页]

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Author: Amour123 时间: 2024-7-27 17:21
标题: 借助WeMol网站进行GROMACS中蛋白与多肽分子动力学出现报错
借助WeMol网站，进行GROMACS中蛋白与多肽分子动力学（需要评估二者对接结合稳定与否），出现如下报错，请问应该如何解决呢

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Author: sobereva 时间: 2024-7-27 18:07
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “GROMACS进行蛋白与多肽分子动力学” 改了，以后务必注意！下次将删帖+扣分处理。

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Author: sobereva 时间: 2024-7-27 18:09
我从来不用WeMol，这也不是绝大多数GROMACS用户算这类问题会用的。
直接自己用pdb2gmx产生拓扑文件、写个恰当的mdp跑就完了，通常没必要用额外的工具，也免得遇到这种麻烦。
顺带一提，北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）对于蛋白质（包括单链和多链的）的模拟都有完整的讲解和很具体的例子。如果之前没相关知识的话，学一遍就全明白了

作者
Author: Amour123 时间: 2024-7-27 19:16

sobereva 发表于 2024-7-27 18:09
我从来不用WeMol，这也不是绝大多数GROMACS用户算这类问题会用的。
直接自己用pdb2gmx产生拓扑文件、写个 ...

好的，谢谢sob老师

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