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标题: 求助分子动力学模拟SBP+,FSI-,溶剂是ACN分子的力场选择 [打印本页]

作者
Author: Dreamer1 时间: 2024-7-27 21:58
标题: 求助分子动力学模拟SBP+,FSI-,溶剂是ACN分子的力场选择
老师好，我在进行分子动力学模拟之前，需要生成体系内的阴离子、阳离子、溶剂分子的itp和top文件，我的阴阳离子分别都是离子液体，SBP+,FSI-,溶剂是ACN分子，我有两个问题:(1)我是用sobtop程序去生成上述离子和分子的itp以及top文件是否合理？（2）用sobtop程序生成的itp文件是在gaff力场下的，那么我最后跑分子动力学的总的top文件里啊还要include力场文件吗？（下面附上了阴阳离子和溶剂分子的结构图、以及总的top文件的截图）
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作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-28 07:56
1 合理
2 你自己写了[defaults]字段就不用

作者
Author: Dreamer1 时间: 2024-8-1 00:07

sobereva 发表于 2024-7-28 07:56
1 合理
2 你自己写了[defaults]字段就不用

好的，明白了，谢谢老师的指导

作者
Author: Kiteliberator 时间: 2024-10-11 12:24

sobereva 发表于 2024-7-28 07:56
1 合理
2 你自己写了[defaults]字段就不用

老师我也是在sobtop上生成了乙腈分子的ACN.itp文件，但是在提交任务的时候，模拟还没进行就被kill了，也不产生报错信息，这是什么问题，是我生成的itp文件有问题吗？（因为在添加水分子的时候，警告了体系内有些原子或残基的质量和范德华半径没有被明确指定，系统自己猜测的）

作者
Author: sobereva 时间: 2024-10-11 19:09

Kiteliberator 发表于 2024-10-11 12:24
老师我也是在sobtop上生成了乙腈分子的ACN.itp文件，但是在提交任务的时候，模拟还没进行就被kill了，也 ...

如果用的windows版，改linux版看报错提示
如果确定是模拟不稳定而崩了，照着http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8检查和解决

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