计算化学公社

标题: 自写自动读取几何优化、SCF收敛进程并绘制图表的R package: SCFMonitor [打印本页]

作者
Author: AzuleneSDSZ 时间: 2024-7-27 23:33
标题: 自写自动读取几何优化、SCF收敛进程并绘制图表的R package: SCFMonitor
本帖最后由 AzuleneSDSZ 于 2024-7-28 12:00 编辑

SCFMonitor是一个自动读取几何优化、SCF收敛进程并绘制图表的R语言包(package).
这个软件包具有以下特性:
1.可以快速读取运行中的高斯日志文件(即提交的gjf文件同一目录下,扩展名为.log的文件)
2.支持下载云端的日志文件进行读取
3.内容包含:

观察多轮几何优化任务(包括过渡态搜索等)SCF收敛进程,包括可以指定最新几轮,观察全部或者观察任一一轮的SCF收敛状况.
观察几何优化收敛进程
观察每轮几何优化所使用的SCF收敛轮数.
读取并整理日志文件的以上SCF、几何优化数据为表格,配合readr::write_csv()可以输出等.

这个包的主要好处是可以让人一眼看出震荡,而且有收敛限指示,让人明白何时需要终止任务,何时需要继续. 而且也支持计算平台上的任务,不需要进行麻烦的手工下载与读取.
图表的显示取了负对数,收敛限是自动读取的.

例图:

某几何优化任务最新6轮几何优化的SCF收敛状况
(, 下载次数 Times of downloads: 62)

某几何优化任务第六轮的SCF收敛状况
(, 下载次数 Times of downloads: 46)

某opt+freq任务的几何优化收敛状况
(, 下载次数 Times of downloads: 48)

在此例子中,体现了更改maxcyc也可以解决SCF不收敛问题的情况. 如果使用这个包,可以比较直观的看出尽管震荡反复,但是在128轮未收敛之时还在逐渐减少的情况
(, 下载次数 Times of downloads: 50)

作者
Author: AzuleneSDSZ 时间: 2024-7-27 23:35
本帖最后由 AzuleneSDSZ 于 2024-9-20 15:04 编辑

下载与详细教程,参见: https://github.com/AzuleneG/SCFMonitor
安装:
首先需要安装R studio 与 R. 这个教程网上一搜一大把,也是多平台适用的.
之后进入R studio界面后,分别输入

install.packages("SCFMonitor")

复制代码

便可安装此包. 每次运行需要输入library(SCFMonitor)去加载这个包
之后按照github上的readme就可以使用了.
如果如果需要详细对于每个函数说明,那么可以采用R读取对每个函数注释的方式,在函数名前面加上?,如输入

?MultipleRoundOptiSCFIntegratedMonitor

复制代码

就可以读取对于多轮几何优化下,观看SCF收敛进程的函数的帮助了.

作者
Author: AzuleneSDSZ 时间: 2024-7-27 23:35
这个包的绘图部分是基于R的tidyverse包的,有一定美观性,不过这也成为了它的劣势,例如需要安装Rstudio才能使用. 况且R在计算化学中很少有人用,更多见于生统或者数据科学领域.
现在正在研究如何封装成可执行的软件,尽可能的减少乱七八糟的依赖.

作者
Author: 明民之中 时间: 2024-8-3 13:42
你好楼主我想问一下这个可以适用于我在服务器上跑castep然后读取scf收敛曲线吗？因为确实提交后台运算无法实时观察scf收敛进程

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)