标题: 关于使用消除塑料分子的平动和转动关键词后软件提示的警告 [打印本页] 作者Author: fenghua 时间: 2024-7-28 13:11 标题: 关于使用消除塑料分子的平动和转动关键词后软件提示的警告 各位老师好，
我是根据sob老师谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)中的"2生物大分子"的两个关键词:comm-grps = protein和comm-mode = angular来消除我的塑料分子的平动转动，在做NPT平衡的时候就出现以下两个warning:"WARNING 1 [file npt.mdp]:Removing the rotation around the center of mass in a periodic system,egror this can lead to artifacts. Only use this on a single (cluster of) molecules. This cluster should not cross periodic boundaries."
"WARNING 2 [file npt.mdp]: Some atoms are not part of any center of mass motion removal group.This may lead to artifacts.In most cases one should use one group for the whole system."
这两个警告的问题如何解决呢，不能忽视吗？