计算化学公社

标题: 如何构建小分子局部片段的力场 [打印本页]

作者
Author: qczgzly 时间: 2016-12-20 16:13
标题: 如何构建小分子局部片段的力场
　　我有一个甘氨酸叔丁酯小分子需要构建力场。用通常的Gaussian+ambertool+acpype处理后尽管能够获得该分子的全部力场参数，但其中甘氨酸的原子电荷与力场中固有的氨基酸残基的原子电荷相差较大。所以我想在gromacs中把甘氨酸叔丁酯做成GLY+TBU（叔丁氧基）两个片段之和，其中GLY能利用已有的氨基酸残基力场。那么TBU片段的力场该如何建立呢？

作者
Author: fhh2626 时间: 2016-12-20 23:14
http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial1/

作者
Author: sobereva 时间: 2016-12-21 02:27
你当前用的什么力场？antechamber用的什么原子电荷？

作者
Author: qczgzly 时间: 2016-12-21 13:43

sobereva 发表于 2016-12-21 02:27
你当前用的什么力场？antechamber用的什么原子电荷？

我当前用的amber03力场，antechamber用的(r?)esp原子电荷。Amber tutorials说amber9x力场中已有残基的电荷可用HF方法算esp电荷准确拟合，而没说amber03力场中具体该用何种方法。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-12-21 14:05

qczgzly 发表于 2016-12-21 13:43
我当前用的amber03力场，antechamber用的(r?)esp原子电荷。Amber tutorials说amber9x力场中已有残基的电 ...

从03开始用的是B3LYP/cc-pVTZ结合IEFPCM隐式溶剂模型（介电常数设为4表现有机溶剂环境）算的RESP电荷。
不同化学环境下即便都是甘氨酸肯定电荷也会不同。如果想保持电荷和力场更好的对应性，可以适当人工调整，把甘氨酸部分沿用力场内置的电荷，另外部分用antechamber产生的电荷。但都用antechamber给的电荷也完全没关系，获得电荷的流程合理即可。

2019-May-15补充：用ambertools计算RESP电荷的做法已经完全过时，目前算RESP电荷的最理想做法是用Multiwfn程序，极度快速、灵活和方便，见
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）

在Multiwfn中可以非常容易地设定片段电荷约束，达到各种想要达到的目的

作者
Author: qczgzly 时间: 2016-12-21 15:17

sobereva 发表于 2016-12-21 14:05
从03开始用的是B3LYP/cc-pVTZ结合IEFPCM隐式溶剂模型（介电常数设为4表现有机溶剂环境）算的RESP电荷。 ...

明白了，多谢师兄～

作者
Author: cwindy 时间: 2016-12-21 19:37
其实嘛，如果你有比较多的片段力场需要构建的话，

我建议还是用 RED-tools

看链接： http://upjv.q4md-forcefieldtools.org/

作者
Author: qczgzly 时间: 2016-12-27 11:38

fhh2626 发表于 2016-12-20 23:14
http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial1/

非常感谢！我研究了好几天，一时觉得非常复杂。教程中提到Sirius无法下载，而且使用的程序版本太古老了。现在的ambertools16应该添加了不少新功能，不知有没有相对简单的实现方法？另外如果是用gromacs计算，能不能绕过创建amber程序中.lib力场库的步骤？

作者
Author: fhh2626 时间: 2016-12-27 13:59

qczgzly 发表于 2016-12-27 11:38
非常感谢！我研究了好几天，一时觉得非常复杂。教程中提到Sirius无法下载，而且使用的程序版本太古老了。 ...

抱歉。。我对gromacs不熟悉，太详细的我就不知道了

作者
Author: qczgzly 时间: 2016-12-27 14:29

fhh2626 发表于 2016-12-27 13:59
抱歉。。我对gromacs不熟悉，太详细的我就不知道了

谢谢~我自己再研究一下。

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