计算化学公社

标题: 求助：体系中加入磷酸离子后能量最小化失败 [打印本页]

作者
Author: 陈小黑啊啊啊 时间: 2024-7-28 17:43
标题: 求助：体系中加入磷酸离子后能量最小化失败
本帖最后由陈小黑啊啊啊于 2024-7-29 08:47 编辑

大佬们，我在盒子中添加磷酸离子时出现以下报错：
Fatal error:Too many LINCS warnings (1003)
If you know what you are doing you can adjust the lincs warning threshold in
your mdp file
or set the environment variable GMX_MAXCONSTRWARN to -1,
but normally it is better to fix the problem
在em过程文件中显示报错：Energy minimization has stopped, but the forces have not converged to the
requested precision Fmax < 100 (which may not be possible for your system).
It stopped because the algorithm tried to make a new step whose size was too
small, or there was no change in the energy since last step. Either way, we
regard the minimization as converged to within the available machine
precision, given your starting configuration and EM parameters.

在增大盒子尺寸、减小步长后均无法解决，在无磷酸离子时可以正常运行，但不知道是错在哪里。请问大佬们这如何解决？[attach]95918[/attach]

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作者
Author: 牧生 时间: 2024-7-28 18:24
这是磷酸根离子吗？

作者
Author: Seyilaxa 时间: 2024-7-28 21:17
原子电荷是用什么方法算的，P原子+5.1、O原子-2.7确认是合适的吗

作者
Author: 张高斯 时间: 2024-7-29 08:18

牧生发表于 2024-7-28 18:24
这是磷酸根离子吗？

是的，磷酸根离子-3价

作者
Author: 张高斯 时间: 2024-7-29 08:23

Seyilaxa 发表于 2024-7-28 21:17
原子电荷是用什么方法算的，P原子+5.1、O原子-2.7确认是合适的吗

Multiwfn RESP 算的

作者
Author: 牧生 时间: 2024-7-29 08:26

张高斯发表于 2024-7-29 08:18
是的，磷酸根离子-3价

我的意思是，你确定你那个pdb文件是磷酸根离子吗？？而不是磷酸？

磷酸根的电荷是-3，磷酸的电荷是0。

作者
Author: 张高斯 时间: 2024-7-29 08:33

牧生发表于 2024-7-29 08:26
我的意思是，你确定你那个pdb文件是磷酸根离子吗？？而不是磷酸？

磷酸根的电荷是-3，磷酸的电荷是0。 ...

噢天哪，我下意识只把钾离子删了没注意里面有氢原子。

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