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标题: 如何在VMD中，调整模拟结果中长方体盒子的长边方向并使其中溶剂分子的显示只处于盒内 [打印本页]

作者
Author: cokie 时间: 2024-7-29 10:10
标题: 如何在VMD中，调整模拟结果中长方体盒子的长边方向并使其中溶剂分子的显示只处于盒内
本帖最后由 cokie 于 2024-7-29 10:12 编辑

各位老师好，我的模拟体系是一个比较“瘦长”的有机分子在水中的堆积情况，现在关于模拟输出结果的绘图有一些问题还望得到各位老师的帮助：

我的分子形成的团簇整体比较“瘦长”，所以我选用了一个长方体的水盒子进行模拟，整体模拟是经过了100ns的10轮周期性退火后，选取最后一帧又进行了50ns的常温退火，系宗选择NPT。

在模拟结束，并以“MOL”为中心修复模拟轨迹后，我检查了整体的模拟过程，发现分子团簇在模拟过程中发生了旋转，团簇伸出了盒子（即团簇的长边从Y方向转到了X方向），请问这种情况，我应该如何对输出结果中，长方体盒子及其中的水分子的显示进行调整，符合我的需求呢（即把盒子的显示也调整为长边在X方向，同时水分子的显示也依旧只显示在盒子里）？（模拟过程见附图，只显示MOL）

作者
Author: 乐平 时间: 2024-7-29 10:42
偷懒的方法，建立大于你分子长轴 2 倍的立方体盒子。
比如，假设你的分子最长的两端为 30 A，那么你可以建立 60 x 60 x 60 的盒子。模拟过程中旋转基本上不会跑出去……

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-30 06:10
最好模拟的时候就把这个分子设成消转动的组，免得后处理

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