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标题: 使用gromacs模拟蛋白配体体系时,关于配体限制势文件在topol.top的位置问题? [打印本页]

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12313    时间: 2024-7-29 16:29
标题: 使用gromacs模拟蛋白配体体系时,关于配体限制势文件在topol.top的位置问题?
本帖最后由 12313 于 2024-7-29 16:31 编辑

    各位老师好,我要模拟的体系是蛋白配体复合物体系,配体是多肽小分子,我使用pdb2gmx命令,通过输入配体和受体蛋白的pdb文件,分别产生了各自的gro、itp、top文件。之后我将配体gro文件的内容复制到受体的gro文件并将原子数进行了相加,在受体的topol.top文件中引入限制势文件,如图所示。但是在使用gmx grompp进行添加离子的操作时,出现如图的错误,显示没有Protein_chain_B这个分子类型,请问该如何解决?(图中LPPR.itp是配体的限制文件,posre.itp是受体蛋白的限制文件,chainA是受体蛋白,chainB是多肽配体)
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12313    时间: 2024-7-29 21:31
已解决
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wys    时间: 2024-10-4 13:19
你好,我也遇到了这个问题,请问你是怎么解决的呢?

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12313    时间: 2024-10-5 09:46
wys 发表于 2024-10-4 13:19
你好,我也遇到了这个问题,请问你是怎么解决的呢?

复合物作为一个蛋白整体进行所有操作。不要对受体和配体分别进行gmx pdb2gmx操作




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