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标题: 如何计算蛋白质周围一定范围内的某一离子的数量变化 [打印本页]

作者
Author: Willow0114 时间: 2024-7-29 21:15
标题: 如何计算蛋白质周围一定范围内的某一离子的数量变化
各位老师，我看文献中发现经常有显示距离蛋白质多少范围内，某一离子或者物质的数目变化的图，想知道通过什么命令可以得到这样的图或者数据呢？这里在确定距离（范围）时有什么依据吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-7-30 05:49
自己写VMD tcl脚本，循环每一帧，选择语句里用within选择距离蛋白内特定物质的原子并输出数目，参考下文
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里讲VMD tcl脚本编写的一个简单例子
(, 下载次数 Times of downloads: 17)

作者
Author: Willow0114 时间: 2024-7-30 09:27
感谢感谢

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