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标题: 请问如何增加gaussview中显示分子优化步数？ [打印本页]

作者
Author: Aristotler 时间: 2016-12-21 09:35
标题: 请问如何增加gaussview中显示分子优化步数？
如题，想请问如何增加gaussview中显示分子优化步数？

gaussview中默认是999步就停止了，但我的结果中有3000步，想都显示出来
拜托各位老师同学，希望得到你们的帮助，感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2016-12-21 09:45
gv没戏。3000步都不收敛，那任务早就该停了，做这么长毫无意义
如果你非要都显示出来，尝试用chemcraft打开输出文件或许能显示全。要么自己写个脚本或者利用awk命令把坐标提出来成为.xyz轨迹文件用VMD来看。

作者
Author: Aristotler 时间: 2016-12-21 09:52

sobereva 发表于 2016-12-21 09:45
gv没戏。3000步都不收敛，那任务早就该停了，做这么长毫无意义
如果你非要都显示出来，尝试用chemcraft打 ...

好的，感谢sobereva老师，其实是这样的：我使用vasp简单做了一下MD,之后找到一个可以利用gaussview查看收敛性的脚本，用着挺好，但一般优化还好，步数不多，但是MD就遇到了如上困难

作者
Author: sobereva 时间: 2016-12-21 09:58

Aristotler 发表于 2016-12-21 09:52
好的，感谢sobereva老师，其实是这样的：我使用vasp简单做了一下MD,之后找到一个可以利用gaussview查看收 ...

看MD轨迹的话应当转化成.xyz轨迹，这种轨迹格式极为简单。VMD才是专业看轨迹的程序，显示效果调节极为灵活，还能自己编写脚本分析轨迹，比gview强多了

作者
Author: Aristotler 时间: 2016-12-21 10:10

sobereva 发表于 2016-12-21 09:58
看MD轨迹的话应当转化成.xyz轨迹，这种轨迹格式极为简单。VMD才是专业看轨迹的程序，显示效果调节极为灵 ...

非常感谢sobereva老师的耐心指导，谢谢您，我尝试一下

作者
Author: Aristotler 时间: 2016-12-21 10:22

sobereva 发表于 2016-12-21 09:58
看MD轨迹的话应当转化成.xyz轨迹，这种轨迹格式极为简单。VMD才是专业看轨迹的程序，显示效果调节极为灵 ...

sobereva 老师，如果我还想看MD中能量的收敛和力的收敛怎么办？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-12-21 10:39

Aristotler 发表于 2016-12-21 10:22
sobereva 老师，如果我还想看MD中能量的收敛和力的收敛怎么办？

我不知道你那个转化脚本转化完了是什么样的
你用grep一提取信息，origin之类作成曲线图一看就知道了

作者
Author: Aristotler 时间: 2016-12-21 10:45

sobereva 发表于 2016-12-21 10:39
我不知道你那个转化脚本转化完了是什么样的
你用grep一提取信息，origin之类作成曲线图一看就知道了

老师，脚本是这样的，可以将vasp 的OUTCAR 文件，转换成gaussian 的out 文件

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