计算化学公社

标题: 求助关于gromacs溶剂可及表面积计算的亲水和疏水区域区分界限 [打印本页]

作者
Author: 呆瓜 时间: 2024-7-31 20:06
标题: 求助关于gromacs溶剂可及表面积计算的亲水和疏水区域区分界限
各位老师好，卢老师讲义中为什么要用原子电荷±0.2作为蛋白质亲水和疏水区域区分界限，这样计算有理论或者文章作为依据吗，还是只是根据经验判断的。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-8-1 06:16
经验判据
原子电荷如果绝对值比较大，必然此原子容易和水产生明显的静电相互作用，因而比较亲水
和下文基于表面静电势判断是类似的道理
谈谈如何衡量分子的极性
http://sobereva.com/518（http://bbs.keinsci.com/thread-14971-1-1.html）

作者
Author: 呆瓜 时间: 2024-8-1 13:45

sobereva 发表于 2024-8-1 06:16
经验判据
原子电荷如果绝对值比较大，必然此原子容易和水产生明显的静电相互作用，因而比较亲水
和下文基 ...

明白了，谢谢老师！

作者
Author: Kiteliberator 时间: 2025-2-25 19:05

sobereva 发表于 2024-8-1 06:16
经验判据
原子电荷如果绝对值比较大，必然此原子容易和水产生明显的静电相互作用，因而比较亲水
和下文基 ...

社长您好，计算SASA，蛋白质亲/疏水部分分组，是根据原子电荷将原子一个个进行分组还是根据残基的电荷分组

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-26 12:42

Kiteliberator 发表于 2025-2-25 19:05
社长您好，计算SASA，蛋白质亲/疏水部分分组，是根据原子电荷将原子一个个进行分组还是根据残基的电荷分 ...

如我的幻灯片体现的，根据原子电荷划分。而且是对于原子进行区分而不是根据残基区分。

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