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标题: 自创用于自动化绘制RDF与配位数曲线的程序 [打印本页]

作者
Author: lucky1999 时间: 2024-8-1 01:35
标题: 自创用于自动化绘制RDF与配位数曲线的程序
本帖最后由 lucky1999 于 2024-8-1 01:40 编辑

各位老师好，由于所涉及的课题需要较为频繁的绘制RDF与配位数曲线，因此我使用python写了drawRDF小程序，可以较为简便地绘制可以直接插入论文中的RDF或配位数曲线的图像。开发drawRDF小程序的过程中受sob老师写的Multiwfn的影响，使用者输入每一个选项前的数字即可完成相应的操作。此外，drawRDF小程序的开发过程中也受scienceplots(https://github.com/garrettj403/SciencePlots)的影响，用户可传入符合个人绘图习惯的mplstyle文件，drawRDF将根据该mplstyle文件自动对相关绘图细节进行调整。
为方便大家的使用，我已采用pyinstaller对drawRDF的源代码进行打包，在win下大家直接双击.exe文件即可启动drawRDF小程序。启动该小程序后，大家逐个拉进gmx产生的RDF或配位数曲线的xvg文件，最后输入q即可完成文件载入。输入q后可看到以下的内容。

The number of Radial distribution curve: 2
The number of Cumulative Number RDF curve: 1
0 Whether to turn on the legend: False
1 The dpi of output picture: 300
2 The color of curve in output picture: #0C5DA5, #00B945, #FF9500
3 The path of style sheets: ./style/no-latex.mplstyle, ./style/my.mplstyle
4 The label of curves: CL \ CL \ name OW
5 The position of label: best
6 The range of x-axis: (0,1)
d Start to draw picture
s Save the picture
q Exit program

复制代码

大家按每一个菜单前的数字或字母即可对相关的选项进行设置。默认情况下，每一条曲线的图例从传入的xvg文件中提取，大家按4即可对其进行相关设置。大家可多次修改绘图细节，多次按d展示实时的绘图图片。待绘制的图片满足大家的要求后按s即可进行保存。
大家可以在https://github.com/luck19990920/drawRDF中进行下载，README中有详细的使用方法与演示视频。源代码也在该仓库中，需要注意的若用python直接运行drawRDF源代码，需要用>=python3.10才能运行，因为程序中使用到了match case语句。对于该程序有啥问题大家也可以跟我反馈

谢谢大家。

作者
Author: 乐平 时间: 2024-8-1 16:10
请问支持 .xyz 格式的轨迹文件吗？

作者
Author: 大王来何 时间: 2024-8-2 01:05
感谢

作者
Author: lucky1999 时间: 2024-8-2 09:29

乐平发表于 2024-8-1 16:10
请问支持 .xyz 格式的轨迹文件吗？

需要通过gmx生成RDF与配位数曲线的xvg文件，程序通过xvg文件绘制。

作者
Author: Starrymoon 时间: 2024-8-29 11:11
您好，我打不开下载网站了，请问您是删除了吗？

作者
Author: lucky1999 时间: 2024-8-29 13:57

Starrymoon 发表于 2024-8-29 11:11
您好，我打不开下载网站了，请问您是删除了吗？

没有呀，我这边是可以打开的！

作者
Author: Starrymoon 时间: 2024-8-29 14:27

lucky1999 发表于 2024-8-29 13:57
没有呀，我这边是可以打开的！

我这边突然能打开了，上午打不开，可能是学校的网不稳定，谢谢贴主

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