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标题: 如何求非平衡构象的boltzmann分布？ [打印本页]

作者
Author: ggdh 时间: 2016-12-21 11:34
标题: 如何求非平衡构象的boltzmann分布？
sob有篇讲boltzmann分布的：
“根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例http://sobereva.com/165”
其中sob讲到：
"需要说明的是，前面所谓的构象的能量是指自由能。所以，必须先优化到相应构象结构，计算电子能量，再做振动分析，把热力学校正能加上去得到自由能"

现在我有一个体系。涉及到单键的旋转，比如： (, 下载次数 Times of downloads: 27)
我想知道这个二面角在不同角度的boltzmann分布。
问题是只有一个二面角比如35度下，才是能量最低点，如果在其他二面角下进行构象优化。都会回到35度的能量最低点。
那么应该如何获得其他二面角下的自由能呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-12-21 14:12
通过极小点的自由能计算boltzmann分布比率是对于极小点而言的，对于非极小点没法做这种计算
非要去得到不同二面角的比例的话，那就做动力学模拟，从轨迹上统计处在不同二面角的比率

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