计算化学公社

标题: 求助：gmx mdrun -v输出信息的含义 [打印本页]
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Author: 含光君    时间: 2024-8-1 13:26
标题: 求助：gmx mdrun -v输出信息的含义
各位老师好，我在gmx 2022.6版本运行mdrun使用-v输出信息时，不太明白输出信息的含义。虽然公社中已有帖子讨论了部分内容（见gromacs 输出 vol 0.42 imb F 15%的意义？ - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 (keinsci.com)），但还有以下几个问题，希望大家赐教。

（1）前几行的vol 0.05！是什么意思？
（2）从64100步开始，不再打印vol字段的信息，并且负载不均衡程度显著上升？这段过程程序运行发生了什么变化？
（3）imb F 和 PME/F 是否都是用于描述PP和PME的不均衡程度？

  1. vol 0.06! imb F 44% pme/F 1.64 step 63700, will finish Wed Jul 31 23:46:39 2024
  2. vol 0.05! imb F 34% pme/F 2.23 step 63800, will finish Wed Jul 31 23:46:41 2024
  3. vol 0.05! imb F 55% pme/F 1.90 step 63900, will finish Wed Jul 31 23:46:43 2024
  4. vol 0.05! imb F 34% pme/F 2.10 step 64000, will finish Wed Jul 31 23:46:46 2024
  5. imb F 114% pme/F 2.46 step 64100, will finish Wed Jul 31 23:46:50 2024
  6. imb F 154% pme/F 1.50 step 64200, will finish Wed Jul 31 23:46:53 2024
  7. imb F 119% pme/F 1.93 step 64300, will finish Wed Jul 31 23:46:56 2024
  8. imb F 130% pme/F 1.62 step 64400, will finish Wed Jul 31 23:46:59 2024
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